鳜鱼(Mandarinfish)是肉质细嫩、味道鲜美、营养丰富的名贵食用淡水鱼类。传统臭鳜鱼以新鲜鳜鱼为原料,配以一定量香辛料,经低盐(5%左右)、低温(10-14℃)短期腌制而成的发酵鱼产品。臭鳜鱼作为传统徽式风味名菜之一,既保持了新鲜鳜鱼的本味原汁,又融合了发酵形成的似臭非臭、香鲜透骨、鱼肉酥烂的特点,深受广大消费者的青睐。本文以黄山臭鳜鱼为研究对象,采用表型及基因型分析手段对不同发酵阶段分离获得的菌株进行了分类和鉴定,并通过DGGE(变性凝胶电泳)分析技术对发酵过程中优势微生物菌群变化进行了研究。具体研究结果如下：(1)从黄山臭鳜鱼样品中分离获得60株乳酸菌,进行了形态学观察,初步了解菌株的性质；根据生理生化实验将60株乳酸菌聚为18类,作为分类鉴定的辅助参考；采用HaeⅢ、HhaⅠ、HinfⅠ、 TrulⅠ限制性内切酶进一步进行16S rDNA序列RFLP分析,再结合(GTG)5-PCR指纹图谱分析,挑取典型菌落进行16S rDNA序列分析,结果表明：分离到的60株乳酸菌归属于6个不同的属,8个不同的种,它们分别为乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)、格氏乳球菌(Lc.garvieae)、棉籽糖乳球菌(Lc.raffinolactis)、副乳房链球菌(Streptococcus parauberis)、清酒乳杆菌(Lactobacillus sakei)、漫游球菌（Vagococcus sp）、溶酪大球菌(Macrococcus caseolyticus)、赫尔曼肠球菌(Enterococcus hermanniensis)、在发酵初阶段分离出的菌株分别属于6个种,其中优势菌是清酒乳杆菌和副乳房链球菌；在发酵4天以后,清酒乳杆菌成为发酵的优势乳酸菌,占发酵后期乳酸菌的92%。(2)从黄山臭鳜鱼样品中分离获得53株肠道菌,采用 AaI、MspⅠ和HaeⅢ 3种限制性内切酶进行16S rDNA序列RFLP分析,再结合ERIC-PCR指纹图谱分析,挑取典型菌落进行16S rDNA序列分析,结果表明：53株分离菌株最终被鉴定为3个科、13个属,包括雷氏普罗威登斯菌(Providencia rettgeri)、摩氏摩根菌(Morganella organi)、威斯康星米勒氏(Moellerella wisconsensis)、普通变形杆菌（Proteus vulgaris)、克雷伯氏属(Klebsiella sp）、乡间布丘氏菌(Buttiauxella grestis)、蜂房哈夫尼菌(Hafnia alvei)、类志贺邻单胞菌(Plesiomonas shigelloides)、豚鼠气单胞菌(Aeromonas caviae)、维氏气单胞菌(A. veronii)、琼氏不动杆菌(Acinetobacter junii)、肠杆菌(Enterobacter sp.)、抗坏血酸克吕沃尔菌(Kluyvera ascorbata)和路德维希肠杆菌(Enterobacter ludwigii)14个不同的种。对测序菌株进一步采用API 20E试剂条进行鉴定,除琼氏不动杆菌为发酵菌株,鉴别率较低,气单胞菌只能鉴别到属外,其余菌株的API 20E鉴定结果与分子鉴定结果完全一致。(3)从臭鳜鱼中分离到的耐盐菌具有较高的多样性,44株耐盐菌分别归属于9个属：嗜冷杆菌属(Psychrobacter spp.)17株、弧菌属(Vibrio spp.)15株、葡萄球菌属(Staphylococcus spp.)3株、巨型球菌属(Macrococcus spp.)3株、大洋单胞菌属(Oceanimonas spp.)2株、海杆菌属(Marinobacter sp.)1株、节杆菌属(Arthrobacter sp.)1株、短杆菌属(Brevibacterium sp.)1株、海生乳杆菌属(Marinilactibacillus sp.)1株。发酵初始阶段,耐盐菌种类较多,从发酵4天开始,嗜冷杆菌和弧菌成为优势嗜盐菌,在发酵8天臭鳜鱼成品中弧菌是唯一的优势耐盐微生物。(4)以不同发酵阶段臭鳜鱼中细菌宏基因组为模版进行了16S rDNA V6-V8可变区PCR扩增,产物经DGGE分析发现,肠球菌(Enterococcus sp.)、腐败西瓦氏菌(Shewanella putrefaciens)、溶酪大球菌(Macrococcus caseolyticus)和乙酰微小杆菌(Exiguobacterium acetylicum)在整个发酵时期所占比例较大,为臭鳜鱼发酵过程中的优势菌。整个发酵过程中,肠球菌在各个发酵时期都保持着较高的丰度；腐败西瓦氏菌在发酵2天的样品中检出,一直延续到发酵结束,但丰度呈下降趋势；溶酪大球菌在鲜鳜鱼中丰度较高,发酵第2天未检测出,发酵第4天至发酵结束,其丰度呈上升趋势；维氏气单胞菌(A. veronii)、不可培养气单胞菌(Uncultured Aeromanas sp.)和杀鲑气单胞菌(A. salmonicida)都属于气单胞菌属,本研究中检出于鲜鱼和发酵第2天样品中,随后消失。热杀索氏菌(Brochothrix thermosphacta)和依氏假交替单胞菌(Pseudoalteromonas issachenkonii)分别在鲜鱼和发酵4天的样品中检出。DGGE分析结果显示,臭鳜鱼发酵过程中存在数量较多的腐败微生物数,除肠球菌和溶酪大球菌为发酵乳、肉制品常见分离菌株外,其余9株均与食品的发酵过程不甚相关。综合以上研究结果可以看出,臭鳜鱼发酵过程中存在一定数量的发酵菌株,这些菌株可以作为发酵剂用于传统鱼制品的发酵；但是,臭鳜鱼发酵过程中还存在数量较多的腐败菌和致病菌或条件致病菌,这些细菌的存在使臭鳜鱼存在一定的安全隐患。研究结果将为筛选适合工业化生产的发酵菌株、有效控制臭鳜鱼生产中存在的腐败菌、致病菌等安全隐患、提高臭鳜鱼的品质和安全具有重要的指导意义。