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肾细胞癌(renal cell carcinoma,RCC),其发病率在成年人恶性肿瘤中排在第十,其中最常见的类型为肾透明细胞癌(kidney renal clear cell carcinoma,KIRC)。通过高通量测序技术产生的大量数据对肾透明细胞癌进行的研究,证明基因表达的变化直接受到DNA甲基化的影响,并且与肾透明细胞癌的发生和发展有着密切的联系。目前对于mRNA和LncRNA联合后是否可以作为疾病的生物标记物,以及基因表达和DNA甲基化的变化对KIRC患者的预后起到的作用是否相同却鲜有研究。本文探索与肾透明细胞癌患者预后相关的基因转录产物,并确定寻找到的这些RNA的生物功能,进而理解这些变化对KIRC预后作用的差异。首先在TCGA数据库中下载KIRC基因表达、DNA甲基化以及临床数据,并针对差异表达基因,使用COX比例风险模型和随机生存森林模型对这些基因的表达与KIRC患者生存之间的联系进行了研究,建立了由6个mRNA和3个LncRNA组成的预后模型NRPM,由模型对患者的评估打分,将KIRC患者区分为高低风险组患者,Kaplan-Meier生存分析后发现两个组内的患者生存率有着明显的差异(P value=6.2e-14),模型性能评估则采用受试者工作特征曲线(ROC),最终的曲线下面积(AUC)为0.841,为高性能的表现。然后,采用加权基因共表达网络将差异表达基因按照基因表达模式进行聚类,并得到21个模块。对模块的生存分析结合NRPM中基因在各个模块中的分布分析,结果表明green-yellow、blue以及brown模块版内的基因与KIRC患者的预后有着紧密的关联。对这些模块内的基因进行GO功能分析,证明最可信的(P value最小)功能完全分布在与细胞分裂相关的条目内,并发现差异表达变化越大的基因与KIRC患者预后情况之间关系越密切。而对各个模块与临床特征的联合分析则分离得到了一个潜在的病理分期靶点CDCA8。最后,针对不同年龄段的KIRC患者的预后情况有着明显差异的问题,探究基因表达与DNA的甲基化特征对不同年龄段KIRC患者的预后的作用有无差异。结果表明年轻(<50)和年老(>70)KIRC患者的风险均高于中间年龄段(50~70)患者的风险,而且呈现不同的特征,对不同年龄段的患者的预后表现着不同的作用,如DNAm age。低甲基化与年龄组之间有着明显的联系,而高甲基化则造成KIRC患者的不良预后。这些结论可能对KIRC的临床诊断或疾病的发展研究有潜在的意义。