内部控制系统对于有效、及时地发现企业经营和发展中的不确定性，有效地使企业的经营目标和管理目标得到实现，并采取科学合理的措施将不确定性程度控制在可以接受的水平之下都具有十分重要的意义。因此内部控制系统的好坏直接影响着企业风险的大小以及会计报表编制基础的可靠程度。而内部控制系统审计是检验内部控制是否有效设计和运行的重要途径，是保证内部控制系统发挥其职能的重要方法。本文围绕着内部控制系统审计分为五个部分进行论述。首先通过引言部分介绍内部控制系统审计的必要性，接着在第二部分重点介绍了内部控制系统相关的概念体系。第三部分则进入了文章的主体，主要介绍了内部控制系统审计的相关概念和审计评价方法—模糊综合评价法和业务流程图分析法。这两种方法分别从不同的角度对内部控制系统进行审计评价，从而保证了审计的准确性和全面性。第四部分则是以南方A公司为例，分别用上述的两种方法对其内部控制系统进行审计评价。第五部分重点介绍这种审计评价方法与其他方法的不同及其优越性，并指出在以后内部控制系统审计的研究领域和研究方向，同时也是作者写此篇论文的目的和意义。本文的独特之处在于采用了模糊综合评价法和业务流程分析法分别从管理层面和业务流程层面对企业的内部控制系统进行审计评价，从而保证了内部控制审计评价的全面性、准确性和长效性，为财务报表的编制的合法性和公允性提供了保证。