三峡水库蓄水后，长江水流减缓，库区水环境容量降低，农业非点源污染对水库水体安全的威胁凸现出来。因而了解库区各区县水环境农业非点源污染的现状和特点，对控制该地区农业非点源污染，改善生态环境，实现经济、环境与社会协调发展具有重要的理论和现实意义。 本文在总结国内外非点源污染控制技术的研究进展文献的基础上，以流域管理为目标，对三峡库区开展了农业非点源污染的详细分类调查，采用等标污染指数法和等标污染负荷法对各污染源进行了评价，并在此基础上提出了非点源污染的管理和控制对策。 研究结果表明，当前三峡库区各农业非点源污染物对水体污染的等标污染负荷比为：COD5.76％，TN52.18％，TP42.06％，主要污染物是TN、TP；各类农业非点源污染源对水体污染的等标污染负荷比为：畜禽粪尿41.51％，生活污染21.05％，化肥污染33.21％，渔业污染4.23％，主要污染源是畜禽粪尿、化肥污染、生活污染污染源。重庆主城区、长寿区、巴南区、渝北区、忠县、江津市的等标污染指数明显高于其他区县。 三峡库区农业非点源污染的空间分布如下：综合污染Ⅰ型(畜禽粪尿、生活、化肥和渔业污染影响程度较平均，比例相近)的巴南区、长寿区；综合污染Ⅱ型(畜禽粪尿和化肥污染为主，渔业污染影响很小)的重庆主城区、江津市、渝北区、涪陵区、忠县、万州区、开县、云阳县、巫山县、巫溪县、秭归县、宜昌市夷陵区、巴东县；畜禽粪尿污染型(畜禽粪尿污染为主，渔业污染影响很小)的武隆县、丰都县、石柱县、奉节县、兴山县。 有效控制流域非点源污染的重要方法之一就是发展最佳管理措施，采取工程技术，从源头和径流过程减少非点源污染，并借助相应的法规、标准、经济和宣传教育的管理手段保证最佳管理措施的落实。三峡库区可以采用的最佳管理措施包括土地利用技术、生态农业、耕作管理、农田养分管理、渔业养殖的污染控制技术、畜禽养殖的污染控制技术、废弃物循环利用技术、梯田、缓冲带、水陆交错带等。