本研究利用SSR标记,对NC102、PVH1452、MS云烟85、MS云烟87、QL-3、MSK326、K326、NC2326、Coker319、RG11、云烟2号、净叶黄、红花大金元-2共13份烤烟材料进行遗传差异分析;以NC102、PVH1452、MS云烟85、MS云烟87、QL-3、MSK326作为母本,K326、NC2326、Coker319、RG11、云烟2号、净叶黄、红花大金元-2作为父本,当地主栽品种云烟85为对照,根据NCⅡ遗传交配设计组配杂交组合,对其主要植物学性状、主要农艺性状和常规化学成分进行遗传力和配合力分析,并进行杂种优势群的划分。主要结果如下:1、13份亲本材料遗传距离在0.112~0.406之间,遗传距离平均值0.245;测验种遗传距离在0.181~0.461间,均值0.321;不育材料遗传距离在0.072~0.211间,遗传距离均值为0.169,聚类结果与实际亲缘关系大体一致,与以往研究结果相似,亲本材料遗传差异较小、亲缘关系较近。2、试验材料主要农艺性状的节距、株高和有效叶片数的广义遗传力超过50%,这些性状有一半以上靠遗传因素决定,受环境因素影响较小,可对这些性状进行优良基因型选择。主要农艺性状的节距、株高和有效叶片数的狭义遗传力超过了50%,表明这些性状在可以在育种中进行早代选择。3、试验材料中部叶总糖、烟碱、钾和上部叶总糖的广义遗传力超过50%,可进行优良基因型选择。中部叶总糖的狭义遗传力超过了50%,可在育种中进行早代选择。4、通过对节距、上部叶长、中部叶产量的多边形视图可以得出,节距存在3个杂种优势群,上部叶长存在3个杂种优势群,中部叶产量存在3个杂种优势群。5、根据中部叶总糖、烟碱和钾含量多边形视图可以得出,总糖存在4个杂种优势群,烟碱存在4个杂种优势群,钾存在4个杂种优势群。上部叶总糖存在3个杂种优势群,还原糖存在3个杂种优势群,总氮存在3个杂种优势群。6、综合主要农艺性状及化学成分相关分析,MS云烟85和红花大金元-2、MS云烟85和净叶黄、MS云烟85和云烟2号,组合MS云烟87和净叶黄、MS云烟87和红花大金元-2,QL-3和净叶黄、QL-3和红花大金元-2,PVH1452和红花大金元-2是较理想组合。