生态环境是人类生存和发展的基本条件，是经济、社会发展的基础。新疆重点生态功能区经济落后并且生态环境脆弱，是影响国家生态安全、经济安全及全面、协调、可持续发展的特殊地区。生态脆弱区、民族地区和贫困地区的耦合导致新疆重点生态功能区的经济发展与生态保护两者很难兼顾，存在着“生态不经济”与“经济不生态”的矛盾，加快生态补偿机制建设是新疆重点生态功能区可持续发展的根本要求，是新疆生态文明建设的内在体现，也是新疆十二五期间及以后亟待解决的现实重大问题。本文旨在进一步完善新疆重点生态功能区生态补偿机制，并提出新疆重点生态功能区生态补偿机制高效运行的配套保障措施，实现生态补偿机制的高效运行，使经济发展与生态环境建设互动发展，推进区域协调、可持续、绿色发展。本文首先对生态补偿、生态补偿机制、重点生态功能区等相关概念进行界定，梳理生态补偿机制的相关基础理论，界定论文的研究范围为新疆国家级和自治区级重点生态功能区，并识别重点生态功能区生态补偿利益相关者，对生态利益相关者进行博弈分析。然后介绍新疆重点生态功能区生态环境现状与新疆重点生态功能区经济社会发展状况，分析新疆生态补偿发展历程、新疆重点生态功能区的生态补偿现状以及新疆重点生态功能区生态补偿机制状况，并分析新疆重点生态功能区生态补偿的特殊性。其次，对新疆重点生态功能区生态补偿机制进行理论分析。分析主体功能区生态补偿内涵及内在需求、生态补偿主客体界定机制、生态补偿标准量化机制、生态补偿模式选择机制、生态补偿监管约束机制以及生态补偿效应分析与评价。然后对新疆重点生态功能区生态补偿机制进行实证分析。用模糊综合评价法基于问卷数据测度新疆重点生态功能区生态补偿机制绩效，然后分析新疆重点生态功能区生态补偿效应，依次分析整体经济效应、基于不同主体功能区的经济效应以及缓贫效应，最后评价新疆重点生态功能区生态补偿资金使用效果，检验生态补偿的民生目标是否挤压生态目标。再次，分析新疆重点生态功能区生态补偿机制存在的缺陷。依次分析新疆重点生态功能区生态补偿主体确立机制、生态补偿客体甄别机制、生态补偿标准量化机制、生态补偿方式选择机制与生态补偿约束机制存在的缺陷，最后分析生态补偿机制的系统耦合性缺陷。然后，总结国内外生态补偿的成功经验，得出对新疆重点生态功能区生态补偿机制建设的启示。最后，完善新疆重点生态功能区生态补偿机制。提出新疆重点生态功能区生态补偿机制基本原则，明晰新疆重点生态功能区生态补偿机制完善的基本思路，分析新疆重点生态功能区生态补偿机制建设的阶段性，对新疆重点生态功能区生态补偿机制建设进行目标定位，最后阐述如何进一步完善新疆重点生态功能区生态补偿机制。并从体制、政策、法制、财政等四个方面提出新疆重点生态功能区生态补偿高效运行的配套保障措施。