伴随着《中华人民共和国刑事诉讼法》（以下简称《刑事诉讼法》）的第三次修改,一种全新的制度即认罪认罚从宽制度被正式写入《刑事诉讼法》。认罪认罚从宽制度是具有中国特色的“协商”制度,标志着我国本土化的“认罪协商”正式确立。这也使得我国的刑事诉讼体系以及检察机关的职能产生了相应的变化,为了回应立法初衷以及满足司法实际的需求,检察机关在认罪认罚从宽制度中所发挥的主导作用日加凸显。本文第一部分,主要阐述检察机关在认罪认罚中发挥主导作用的相关理论问题。首先介绍了认罪认罚制度所具有的提高诉讼效率、保障人权,化解社会矛盾、促进社会治理体系完善等重大理论及现实意义。其次从词义分析、“官方解释”、相关概念比较等三个角度分析了检察机关主导作用的内涵。最后,物无妄然,必有其理,检察机关的宪法地位及自身的功能价值等因素决定了其在认罪认罚从宽制度中发挥主导作用。本文第二部分,介绍了检察机关发挥主导作用在司法实践中的具体表现。认罪认罚从宽制度的改革不仅仅是局部性的,更是全面性的,涉及到实体和程序两个层面,因而,检察机关主导作用不仅表现在实体上,也表现在程序上,从主导认罪认罚从宽制度的程序启动、程序选择、认罪协商程序,到主导认罪、认罚及定罪和量刑,检察机关的主导是一种全程性主导。本文第三部分,论述了检察机关在发挥主导作用的过程中暴露的不足。事物的发展是前进性与曲折性的统一,检察机关在发挥主导作用的过程中出现了违背立法初衷和自身职能要求的问题,显示出了检察机关并未能适应职能的转变,未能深刻理解该认罪认罚从宽制度的内在价值,这些问题不仅体现在程序中,也体现在实体及条件保障之上。本文最后一部分,为检察机关更好的发挥主导作用提出了一些针对性的建议。检察机关应审视当前刑事诉讼构造改革,从诉侦、诉审、诉辩等三个维度完善检察机关的主导作用。首先,打铁还需自身硬,检察机关要注意自身廉政建设,秉持客观公正义务。其次,在侦查阶段,注重发挥提前介入的主导作用及强制措施适用的主导作用,保障认罪认罚从宽制度在侦查阶段具有良好的适用。再次,在审查起诉阶段,要特别注意保证被追诉人的认罪及认罚的自愿性,保证值班律师应有的功能得以发挥,同时合理处理被追诉人的上诉行为。最后,在审判阶段,要特别注意处理检察机关主导作用与以审判为中心的关系,切实提高量刑建议的水平。