目前,我国正处于既强烈要求发展经济又迫切需要保护生态环境的关键时期。虽然政府为实现保护环境的目标付出了艰巨努力,动用公共财政恢复生态的各项工程举世瞩目,但粗放的经济增长方式使得资源利用效率低,环境本身亦存在破坏容易、恢复难的特点,即使有了退耕还林、退耕还草、退耕还湖等生态补偿的实践,然而生态补偿的理论研究还是落后于可持续发展战略实施的紧迫需要。尤其在自然生态保护或区域生态环境保护方面,面临着政策结构性缺位的挑战,相关的环境经济政策严重短缺,无法解决诸如国家重要生态功能区、流域和矿产资源开发等领域的生态环境保护问题,从而在经济社会快速发展的同时,付出了环境污染和生态恶化的沉重代价。生态补偿是运用经济手段保护生态环境的重要措施,旨在从源头上调控各个利益群体之间的经济利益关系,合理分配自然环境资源,指引人们自觉合理地利用和保护生态环境,实现我国经济社会发展与生态环境保护的双赢。目前,我国的生态补偿工作还没有形成适合于不同层次和类型的生态补偿制度。鉴于此,本论文以国家生态补偿机制的建构和完善为研究对象,界定和分析生态补偿机制的内涵和主要经济学理论基础,并对国内外生态补偿实践和相关政策进行实证研究,融汇经济学、资源科学、环境科学、生态学、管理学、法学等多门学科的理论,从理论上为我国建立、健全国家生态补偿机制提出一些建议,指导下一步的实践工作。文章通过研究得出的基本结论是：(1)现有的研究和探索实践为回答“什么是生态补偿机制?为什么要建立生态补偿机制?怎样建立生态补偿机制?”这三个问题准备了良好的基础,但尚未达到较系统和较科学的程度,与国家的相关决策需要仍有较大距离。(2)生态补偿机制是调整相关主体的环境及其经济利益的分配关系,内化相关活动的外部成本,恢复、维护和改善生态系统功能的一种制度安排。生态补偿机制的基本要素是确定的,应当包括生态补偿原则、补偿主体、补偿客体、补偿对象、补偿标准、补偿运行机制、补偿途径和补偿保障机制,另外还涉及到补偿机制运行效果的评价、补偿机制的完善与创新等。(3)我国的生态补偿政策在经历了孕育、试点探讨和逐步推广后,正在走向完善,但从目前生态补偿的具体实践来看,尚未建立一套相对完整的生态补偿政策体系,并且缺乏专门性的政策工具。(4)生态补偿机制是一项非常复杂的制度安排,国家应建立一个具有战略性、全局性和前瞻性的总体框架。根据国内外生态补偿机制的理论研究与实践运行情况,构建一个完整的生态补偿机制体系必须综合考虑这一机制的总体部署、基本特征、基本要素、基本框架、运行效果评价以及机制完善等因素,这也是生态补偿机制构建的基本要求。(5)生态补偿机制本身是一个复杂的综合的运行体系,需要多学科、多部门的相互配合,更需要其他政策的支持与保障。因此,在设计与完善国家生态补偿机制过程中,要特别重视其与经济、管理、法律和社会政策的内在关系,做好生态补偿机制与它们的结合,构建完整的生态补偿保障制度体系。(6)流域、农业、重要生态功能区、矿产资源开发、森林等不同的生态补偿领域都有其区别于其他补偿领域的基本特征,这就要求在相应的生态补偿机制设计中必须充分考虑这种生态补偿领域现实存在的差异化因素,以设计出最切合实际需要的生态补偿机制,保证达到理想的生态补偿效果。文章提出的创新观点包括：(1)提出生态补偿政策应是对现有环境政策的完善和补充,因此我国生态补偿的外延应是自然生态保护(与建设)领域。(2)从国家角度出发,设计我国建立国家生态补偿机制的总体框架,旨在为国家的相关决策发挥一个路线图的作用。由于国家生态补偿是由中央政府直接或间接参与,对生态影响跨省市乃至跨国的经济社会活动进行的补偿,补偿问题牵扯到许多部门和地区,具有不同的补偿类型、补偿主体、补偿内容和补偿方式,因此所建立的国家生态补偿机制具有战略性、全局性和前瞻性的特点,针对各个尺度上的问题能够综合利用法律、政府和市场手段,建立多层次的补偿系统。(3)提出建立统一与多元化相结合的生态补偿管理体制模式。这一模式包括：一是建立中央层次的国家生态补偿管理机构,在国务院的统一领导下成立生态补偿管理委员会,在全国范围内行使生态补偿管理权,对我国生态补偿实行统一管理；二是在地方政府下设立行政区域政府生态补偿管理机构,把林业、水利、国土资源等职能部门以及生态效应生产地政府、受益地政府纳入一个平台进行协商,使各级政府、各部门能够齐心协力使生态补偿机制走向可持续发展；三是按级别设立各级基层生态补偿管理机构,在所管辖的范围内对生态补偿进行决策和管理。