建国初期的高等学校院系调整,是我国高等教育发展史上的一件大事。这次调整的原因有很多,主要是为了配合新中国经济建设,培养国家急需的各类专门技术人员。教会大学在这次的调整中全部被撤销,结束了其在中国大陆半个多世纪的历史。教会大学对中国高等教育的近代化、女子高等教育、医疗卫生教育及中西文化交流都起到了巨大的推动作用。中国共产党自成立起就对基督教及教会大学有明确的认识：教会大学是西方国家对中国进行“文化侵略”的阵地。其对教会大学的政策受到国内外局势的影响,在各个时期均有所不同。建国初期,因为面临百废待兴的局势,共产党把教会大学当作一般的私立学校对待,一直采取帮助其发展的政策直到朝鲜战争的爆发。齐鲁大学作为旧中国十三所教会大学之一,是第一个被共产党接收的教会大学。在新的形势下,面对《共同纲领》所规定的新民主主义教育方针,齐鲁大学做出一系列的调整。首先是严格遵守各项新的规章制度,改组校行政领导；其次是改革课程设置,开设学习辩证唯物主义和历史唯物主义的课程；再次,进行无产阶级政治思想教育,培养爱国主义感情。一切进行的似乎很顺利,但是与华东大学的矛盾使齐鲁大学陷入尴尬的境地。在对矛盾的处理中,显示出新政权对教会大学的看法没有改变,因为这次矛盾被定性为是“教会想打击进步力量造成的”。朝鲜战争的发生使中美关系彻底破裂,也使共产党一改之前对教会大学比较谨慎的政策。美国宣布冻结中国在美国的一切财产,并禁止向中国汇寄资金。中国政府决定按照资金来源情况,把教会大学或改为公立,或改为人民自筹资金的私立学校。在50年代初期的院系调整中,中国大陆的教会大学全部被撤销。全国院系调整前对教会大学的改造是因为教会大学的西方色彩、宗教色彩、资产阶级色彩、培养人才的模式等与新中国形势格格不入。但是,在短时问内把教会大学全部撤销主要是与中美关系的发展有关。中国政府对教会大学的政策受到朝鲜战争的极大影响就是最好的证明。