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【目的】 了解东莞地区2015年儿童手足口病（Hand foot and mouth disease, HFMD）/疱疹性咽峡炎(Herpangina,HA)病原学的构成比及分布特点，分析肠道病毒(Enterovirus, EV)不同基因型HFMD/HA患儿的临床特征。 【方法】 通过收集2015年东莞市儿童医院HFMD/HA患儿的临床资料，利用分层比例抽样方法选取307患儿的粪便样本通过RT-PCR和半巢式PCR进行肠道病毒VP1片段扩增，进而进行测序比对分型。利用生物信息学软件建立系统进化树，分析本研究鉴定的肠道病毒与代表株之间的亲缘关系。根据患儿的临床信息结合病原分型结果，分析HFMD/HA不同病原的临床特征。采用SPSS22.0版本(SPSS, Chicago, IL, USA)统计学软件进行统计分析，以双侧P＜0.05设为有显著统计学差异。 【结果】 1.307例HFMD/HA样本中检出271例EV阳性，共鉴定出14种EV基因型，包括CVA6(75例，27.7%)，CVA2(61例，22.5%), CVA10(38例，14.0%), CVA16(22例，8.1%), EV71(19例，7.0%)，CVA5(8例，3.0%), CVA8(6例，2.2%)， Echo18(5例，1.8%), CVB3(3例，1.1%), CVA4(3例,1.1%), Echo9(1例，0.4%), CVA9(1例,0.4%), Echo25(1例,0.4%), PV2(1例,0.4%)。CVA6、CVA10和CVA16是导致HFMD的主要病原体，CVA2和CVA10是导致HA的主要病原体。 2.258例（95.2%）HFMD/HA患儿＜5岁。HFMD好发于5～7月（高峰：6月），第二流行小高峰9～10月（高峰：10月），而HA好发于5～6月（高峰：5月），一年仅有一次发病高峰。 3.感染CVA2热峰较CVA6，CVA10，EV71，CVA16高（P＜0.05）；CVA6较EV71，CVA16，CVA2和CVA10更易出现非典型HFMD的表现（P＜0.05）；感染CVA6、CVA2和CVA10的患儿CRP水平显著高于EV71、CVA16（P＜0.05）；神经系统、消化系统、呼吸系统的相关临床症状以及其它各项实验室检查结果无显著差异（P＞0.05）。大部分HFMD和HA患儿症状较轻，仅有1例EV71感染的HFMD患儿合并急性脊髓炎和1例CVA16感染的HFMD患儿因脑干脑炎合并急性肺出血死亡。 4.本次研究中所鉴定的CVA2和CVA6株与近5年我国其它地区所分离的CVA2和CVA6代表株有较近的亲缘关系，如深圳、云南、上海、天津、台湾等地区；与日本代表株也有较近的亲缘关系，而与1996年山东分离的CVA6代表株及2007年北京分离的CVA2代表株的亲缘关系较远。 【结论】 东莞地区2015年儿童HFMD/HA的病原谱广，其优势病原分别为CVA6和CVA2，流行具有明显的季节性，5岁以下儿童为重点监控人群。不同型别肠道病毒引起的HFMD/HA临床表现存在差异性。CVA2和CVA6流行株的进化与地域及时间有一定的关系。