策勒黑羊是我国优良的地方羔皮羊品种之一,同时具有高繁殖力的特点。然而,该品种多羔和生长性状的分子机制尚不明晰,严重影响了该品种的分子选育进程。因此,挖掘策勒黑羊多羔和生长性状的关键候选基因将有助于加快该品种的分子选育进程,提高当地养殖户的经济效益。针对策勒黑羊多羔性状,选择目前中国绵羊品种中存在的两个多羔主效基因(BMP15和GDF9)进行SNP测序,并与产羔数性状进行关联分析。本研究采用81只有产羔记录的策勒黑羊按照产羔数分为单羔组(L)和多羔组(H),对其进行颈静脉采血,提取DNA,对BMP15和GDF9基因进行全长测序。结果显示,在两个重要候选基因中共存在16个SNPs位点。GDF9基因有7个SNPs,分别为g.41769976A>G、g.41769833G>A、g.41769723C>T、g.41769898A>G、g.41769246A>G、g.41769008C>T和g.41769002A>G,其中:g.41769976A>G位点GG型策勒黑山羊比AA型平均产羔数多0.31只,g.41769833G>A位点AA型比GG型平均多0.22只,g.41769723C>T位点TT型比CC型多0.19只,且这三个SNPs位点与产羔数均存在显著相关(P<0.05),其余4个突变位点均与产羔数不存在显著相关(P>0.05)。BMP15基因存在9个突变位点:g.50986052C>A、g.50985229A>G、g.50985162T>C、g.50985071C>T、g.50983056C>G、g.50982538T>C、g.50981129A>G、g.50980656T>C和g.50981170T>C,且这9个SNP位点均与产羔数不存在显著相关(P>0.05)。针对策勒黑羊生长性状,本研究采用Affymetrix 630K SNP芯片对188只具有体尺体貌记录的策勒黑羊进行分型检测,结合文献报道对GWAS结果分析显示,RXFP2基因可作为策勒黑羊角型候选基因;与体型相关的候选基因共筛选出了13个,包括:体重候选基因FAM19A2和DISP1,体高候选基因KIF1C基因,胸深候选基因PDGFD、S1PR3和RUNX1T1基因,胸宽候选基因S1PR1、TBC1D4和CXCL12基因、胸围候选基因MFAP1基因,体斜长候选基因DIAPH3基因,尾长候选基因ZSCAN4基因和ADGRB3基因。随后对数据中连续性纯合片段(runs of homozygosity,ROHs)进行分析发现存在9261个ROH,共计3927个ROH重叠池,本研究总共确定了28个ROH高频区(其中,1号染色体上10个、3号染色体17个、6号染色体1个)。结合文献报道,SOX2、KLHL24、TNS2和FGD6基因可作为生长性状重要候选基因进行进一步研究。