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本研究对我国河南省新蔡县既往有偿献血人群中HIV-1病毒流行株的亚型进行了测序,从基因变异、所受选择压力、抗原表位变异、糖基化位点变异、原发耐药性突变等角度,分析该人群的gag、env、pol基因的变异特征,以期所获得数据能够为针对我国的HIV的免疫学及相关的研究提供依据。在本研究中使用Nested-PCR的方法扩增了gag、env、pol基因的部分区段,并构建了相应的克隆株,经测序后共获得了gag基因PCR序列54条、克隆株序列684条,env基因PCR序列45条、克隆株序列458条,pol基因48条、克隆株序列116条,应用Mega3.0、Bioedit、Clustal×、SPSS 13.0等软件进行相关的数据分析。系统进化树显示52份gag基因区序列与来自泰国的B.TH92.92TH01 4、中国云南吸毒人群的B,CN,RL42聚集在一起,属于B’亚型;通过对gag、env基因区段与各亚型国际参考株的基因离散率计算发现,其与B.TH92.92TH014的距离最为接近,分别为2.65 0.95、4.05 0.93;同时对gag、env基因的PCR序列、克隆株序列与B亚型国际参考株的基因离散率进行比较,两者并无显著统计学差异。通过对抗原表位的分析,发现在对本研究的54份gag基因的PCR测序结果推导的氨基酸共享序列与主要HLA限制的9个抗原表位比较,发现4个抗原表位发生点突变,均发生在p17区段,分别为E62G、Y79F、193V、T84V。这一结果与gag基因的分区段的基因距离和所受选择压力的分析结果相一致.即p17区段从基因离散率、所受的选择压力和抗原表位的突变率均大于p24区段。通过序列的保守性分析,发现在p17区段的尾部和p24的交界部分,经常出现碱基的缺失、插入、突变、重复和倒置等情况,们很少出现移码突变,不影响下游的翻译,也不会影响p17和p24之间的酶切位点。这是由于该区段不具有重要的生物学功能而允许发生较大程度的变异。本研究发现env基因V3环顶端四肽主要为GPGR、GPGQ、GPGK、GQGR,其中GPGR这一典型的欧美B业型V3环顶端四肽序列比例最高为44.44%。对env基因糖基化位点分析发现,除第10-12位、35-37位两个糖基化位点高度保守未见变界,其他糖基化位点均出现不同程度的丢失。根据V3环的关键氨基酸位点及V3环静电荷数对HIV-1辅助受体可能使用情况做出分析,45份env基因PCR序列中,共有5条使用CXCR4辅助受体,6条可能使用CCR5,其余不能判断其受体的使用情况。对样品的原发性耐药情况进行了相关的基因检测,在PR区没有发现有关蛋白酶抑制剂(Pls)的主要耐药性突变位点,所发现的耐药性突变位点均为有关蛋白酶抑制剂(Pls)次要耐药性突变位点,在RT区共发现9条序列存在耐药性突变,其中3条为PCR序列,6条为克隆序列,所有耐药性突变位点均为单一突变位点,并只对NRTls或NNRTls中的一类药物有耐药性,药物敏感性资料表明耐药性突变位点多表现为低度耐药性。这一结果表明该地区的HIV-1感染者原发性耐药发生的比例较低,因此提示我们在对该地有偿献血感染HIV的患者在开始治疗时可不必以耐药性检测做指导。