股权结构在公司治理结构中处于基础性地位，合理的股权结构能促进公司治理结构的完善，并保护中小投资者的利益。中小投资者是市场流通资金的主要来源，对上市公司的生存与发展起至关重要的作用。然而中小投资者往往处于弱势地位，合法利益得不到有效保障，这严重影响了其投资积极性，阻碍了资本市场的稳定和国民经济的发展。本文通过对股权结构与中小投资者保护关系的实证研究，试图找出制衡的股权结构来解决大股东侵害小股东利益的问题，以达到保护中小股东利益的目的。在上述的大环境下，文章将规范和实证两种基本的研究方式相结合。首先对股权结构与中小投资者保护的相关理论进行梳理，以2007-2012年上市公司的数据为基础，对客观数据进行分析，对中小投资者保护现状及受损机理进行了描述，然后从股权结构对中小投资者保护的重要性入手，分析制衡的股权结构对中小投资者保护的作用。最后得出保障我国上市公司中小股东合法权益的相关政策指引，以达到减少控股股东对中小股东的侵害，更好地保护中小股东利益的目的。