重要生态功能区生态效益补偿是指为建设和保护重要生态功能区生态环境,维护国家、地区生态安全,在综合考虑重要生态功能区生态保护成本(包括直接成本和间接成本)和重要生态功能区提供的水源涵养、水土保持、防风固沙等生态服务价值的基础上,运用行政手段和市场手段,对重要生态功能区生态环境的保护者及因此利益受损者予以补偿的环境经济政策。重要生态功能区生态效益补偿机制的实施对于保护我国重要生态功能区生态环境、促使利益相关者间的权利义务相一致及促进重要生态功能区与其他地区协调发展均有十分重要的意义。德国、瑞典、日本等国将重要生态功能区生态效益补偿的理念融于资源环境保护相关立法,在多元化的补偿主体、充满弹性的补偿标准、多样化的补偿资金融资渠道及灵活的补偿方式等方面积累了宝贵的经验。我国虽未制定《生态效益补偿法》,缺乏关于重要生态功能区生态效益补偿的统一规定,但在环境、资源保护相关法律、法规已有相关条文,体现了重要生态功能区生态效益补偿的理念。在中央、地方政府主导下,我国己开展了重要生态功能区生态效益补偿实践。目前,我国重要生态功能区生态效益补偿制度存在的不足是明显的：从立法结构上来说,我国有关重要生态功能区生态效益补偿的法律法规缺乏内在的协调性和合理性,未能形成完整的法律体系；从立法内容方面来说,亦存在补偿主体不明晰、补偿方式单一、补偿标准偏低且过于僵化、补偿资金过于依赖政府财政等问题。针对上述问题,我们应做如下努力：从立法结构上来说,首先应修订《宪法》,确立生态效益补偿的宪法地位,其次应修订《环境保护法》,制定《生态效益补偿法》,对生态效益补偿的概念、基本原则、基本制度作出具体的规定,最后还须修订其他有关环境资源的法律和政策,将重要生态功能区生态效益补偿的理念溶于环境和资源相关立法之中,形成一个完整的法律体系；从立法内容来说,应当建立以政府为主导的多元化的重要生态功能区生态效益补偿主体机制,拓宽融资渠道,制定灵活、适用性强的补偿标准,并且以多样化的方式实现重要生态功能区生态效益补偿。