医药行业的发展与社会公民的健康以及生命安全具有密不可分的关系,因此,医药企业自身承担着一定的社会责任。正因为医药行业承担着重要的社会责任,所以我国政府对其十分关注,并对其实施着严格的行业管理标准。具有完善职能部门的企业通常都会制定一个符合企业发展实际的内部控制制度,通过内部控制制度的实施企业的各项资产、会计数据等会得到更加高效的利用与保护,经营效益也会更加明显。企业各项管理规定在内部控制制度的约束下也会高效执行,因此,企业需要实施科学的内部控制手段,不断地推动企业的发展。内部控制的实施能保证医药企业长期稳定经营与发展,然而,医药企业在实际实施内部控制的过程中存在着一些较为普遍的问题,这些问题不仅影响着内部控制实施的效果,甚至在一定程度上会影响内部控制功能的有效实现。生物医药企业对于国民健康以及社会稳定发展意义重大,当前国内医药企业在管理方面与国外先进企业相比存在很大的不足,通过提升内部控制水平可以促进医药企业管理效能更加明显。本文采用案例分析方法,首先介绍了选题背景与意义,对国内外学者的部分研究进行概括介绍,在进行理论总结的基础上,对吉林长春长生有限公司问题疫苗事件进行回顾,分析公司在治理结构、组织机构设置与权责分配、内部审计、法律环境等内部环境层面,风险评估与管理层面,内部监督与信息反馈层面,独立董事及监事会层面的缺陷,针对存在的突出问题,提出构建医药企业内部控制系统指导原则,同时总结了长春长生公司经营管理中内部控制层面失败教训,并从完善公司治理结构、加强风险管理、增强企业人员内部控制意识、强化内部监督与评价、强化公司文化与社会责任等方面为构建医药企业内部控制体系建设提供参考性建议。