农民工问题是中国转型时期的一个关键问题，其焦点是农民工的权益保护问题。社会保障权益是最基本的权益之一，其中，又以养老保险问题最为复杂。从农民工参加养老保险的现状来看，不仅享受的待遇水平相比城市居民较低，无法自由转移的养老保险关系也损害了农民工的部分权益，甚至还有相当一部分农民工处于保障缺失状态。因此，对农民工养老保险制度的研究具有重要而深远的意义。本文以上海市农民工养老保险制度为研究对象，首先回顾了制度的发展历程及其历史地位，并从供需适配性角度对制度的运行现状进行了实证调研，深入剖析了制约制度实施效应的深层次因素。在此基础上，以进一步完善制度为目标，提出了关于养老保险关系异地转移接续问题、待遇水平问题、缴费模式问题等三大瓶颈问题的解决思路以及完善该制度的相关配套措施。本文采用了规范分析与实证分析、定性分析和定量分析相结合的研究方法。本文主要得出如下结论：第一，“公平与正义”是农民工养老保险制度建立的主要理论依据，在制度的设计理念上应对农民工这一弱势群体有所倾斜。第二，农民工养老保险关系的转移接续可根据关系变动的具体情况分类解决，城际转移可以参照欧盟经验，按照农民工在各个城市的缴费年限占总缴费年限的比例为农民工支付相应的养老金，城乡转移则可以考虑把农民工的个人账户及其统筹账户的全部资金转入新型农村社会养老保险中的个人账户，体现制度对弱势群体的倾斜。第三，单纯依靠提高缴费率或缴费基数以提高制度待遇水平的效果相对有限，可考虑建立基础养老金，通过丰富制度层次以进一步提高待遇水平。第四，改变只有目前用工单位缴费的现状，代之以用工单位和农民工共同缴费的“统账结合”模式，这是实现养老保险关系顺利转移接续和提高待遇水平的重要前提和基础。本文的创新之处在于：第一，多角度、深层次地分析了农民工权益保护问题的本质及其根源，论证了“公平与正义”理论是农民工养老保险制度建立的理论基础，深化了农民工权益保护问题的理论研究。第二，提出了分情况解决养老保险关系的转移接续、通过丰富制度层次来提高待遇水平等制度设计思路，为进一步完善上海市农民工养老保险制度提供可借鉴的思路。本文对于完善农民工养老保险制度和维护农民工群体的权益，乃至解决农民工问题都具有一定的理论意义和实践意义。