由于北冬虫夏草(Cordyceps militaris)具有与冬虫夏草(Cordyceps sinensis)相似的药用价值,甚至有些活性成分如虫草素的含量还高于冬虫夏草,常被用作冬虫夏草的替代品,导致过度采挖,资源日益枯竭。因此,本研究通过拮抗试验初步观察菌株的亲缘关系,再利用SRAP、ISSR、SCoT分子标记及ITS序列对其亲缘关系、遗传多样性进行进一步的研究,为北冬虫夏草的资源保护、人工引种栽培以及育种提供分子依据及理论指导,为挖掘未知基因奠定基础。研究结果如下：1、拮抗试验设置了210组试验,其中82组拮抗现象非常明显,9组基本无拮抗现象。试验结果说明拮抗试验可一定程度地反应亲缘关系的远近,但其拮抗程度受实验者的主观因素及培养基成分的影响,只能作为菌株遗传差异鉴定的一个辅助方法。因此,本研究运用了更为准确、可靠的分子标记对北冬虫夏草进行菌种鉴定及遗传多样性研究。2、通过SRAP和ISSR分子标记分析了北冬虫夏草的亲缘关系及遗传多样性,多态性高达100%,说明所选北冬虫夏草菌株具有丰富的遗传多样性。在优化了的SRAP和ISSR的反应条件下,相似系数分别为0.7040、0.6560时,供试菌株都分为4类。在SRAP标记中,1、2、3、8号菌株聚成第1类,7、16号菌株独成一类,分别为第Ⅲ、Ⅳ类,其余聚为第Ⅱ类。而在ISSR标记中,7、16号菌株与SRAP结果一致,为第Ⅲ、Ⅳ类,而第1类与SRAP相比增加了11、12、13号菌株。16号菌株在SRAP、ISSR标记中,与其它菌株相似性系数都只有0.59、0.48,说明16号菌株与其它菌株亲缘关系较远,这与其拮抗试验的结果一致。1、2号菌株,4、5号菌株遗传相似系数最高,分别为0.95、0.94,说明亲缘关系很近,根据其来源推测它们可能是由同一菌株进行组织分离而得到的。3、SCoT标记未筛选出具有差异的引物,说明SCoT可能不太适合北冬虫夏草菌株间的鉴定。4、ITS序列的测定,鉴定出16号为弯颈霉,其余为北冬虫夏草,说明ITS序列的测定可用于鉴定不同的菌种。其中4、5、6、7、15、18与20号菌株,3、8、12与13号菌株的ITS序列完全相同,说明ITS序列在北冬虫夏草中具有相当的保守性,不适合于北冬虫夏草菌种内的鉴定。5、比较四种分子标记,SRAP标记、ISSR标记多态性高达100%,所有菌株都能有效区分,且总体状况一致,可作为北冬虫夏草菌株种内、种间鉴定与亲缘关系检测的有效方法。而ITS序列的测定只能区分不同的菌种,不能用于对同一菌种种内的鉴定,SCoT标记不适于北冬虫夏草的鉴定。