二元土地制度和城市化进程深刻影响着城郊农村居住用地的利用方式，引发了农村居民点的功能结构演进和农村居住用地非正规市场的形成发育。研究农村居住用地非正规市场，既涉及耕地保护、“城镇建设用地增加与农村建设用地减少相挂钩”、新农村建设、城乡统筹等重大发展议题，也涉及土地增值收益分配等社会公平问题，对集体建设用地流转尤具实践指导意义。　　 本文基于土地经济学和制度经济学的理论分析，采用GIS空间分析技术分析北京农村居住用地的宏观时空演进和农村居住用地非正规市场的背景及概况，并开展微观案例—海淀区肖家河城中村(非正规住房租赁市场)和通州区张家湾镇小产权房(非正规土地转让市场)的多次实地调研和30余次深入访谈，获取第一手微观尺度上的城中村和小产权房的经营运作的数据资料。以“理论研究—实证分析”为主线，从“宏观背景—微观实例”两个空间尺度，尝试探讨“制度设计—微观土地利用行为—农村居住用地非正规市场的成因、运作及效率”之间的互动影响机制，具体得出如下结论：　　 (1)理论分析结论：非正规市场的制度根源是现行二元土地制度，均衡价格偏低，扰乱了地价空间分布规律，存在土地收益的隐形流失，资源配置效率不够理想；　　 (2)宏观分析结论：北京城市化加速，外来人口和本地城镇化人口的用地需求激增，宅基地的权属结构趋于多元化，经营型功能的比重增大，非正规市场兴起，但深受制度和政策限制；　　 (3)城中村微观案例分析结论：城中村形成的制度根源是二元土地制度，租屋市场呈现“低成本-低租金-高利润”特征，形成低收入群体的聚居区和地下经济体系，其土地利用效率和资产效益明显低于相同区位的城镇住宅小区；　　 (4)小产权房微观案例分析结论：其制度根源也是二元土地制度，呈现“低成本-低价格-高利润”特征，产权交易风险很大，形成村民与住户的利益共赢和风险共担机制，土地利用效率和不动产价格低于周边城镇住宅小区，在小产权房开发过程中村庄的利益边界、村民的村籍身份和小产权房用地的分散格局得到强化，对农村居住用地的结构优化和农村人口向城镇集中的城镇化战略提出了严峻挑战。　　 本文针对北京农村居住用地的非正规市场提出如下政策建议：在确保农民权益、兼顾城中村和小产权房等土地非法流转现象的弱势群体利益的前提下，理顺土地收益分配关系，逐步推行宅基地使用制度改革，将宅基地流转纳入正规市场，远期构建城乡统一的土地制度和土地市场。