南爪哇流存在多种时间尺度的变率。由于观测资料缺乏，前人对它的认识主要集中在它随季风转换的季节性变化方面，认为它是一支半年周期的定常海流。虽有少量研究关注了它的季节内变化，但这方面的认识尚不深入。本文利用锚定潜标的观测数据，结合再分析资料和卫星观测资料，采用最大熵谱分析对南爪哇流的时间变率进行了分析。结果显示，南爪哇流存在非常显著的季节内变化与半年周期变化，进一步的分析表明南爪哇流的季节内变化与热带印度洋的季节内振荡强迫有着密切的联系。伴随季节内振荡的低空纬向风激发了向东传播的赤道开尔文波,它到达印度洋东边界后产生了一支向南传播的沿岸开尔文波，这支沿岸开尔文波继续沿着苏门答腊岛和爪哇岛向南传播，从而引起南爪哇流的季节内变化。而南爪哇流的半年周期变化主要与季风转换有着密切的联系，在季风转换期间（4、5月/9、10月），赤道印度洋主要被西风占据，激发了Wyrtki急流和向东传播的下沉赤道开尔文波，它到达印度洋东边界后产生了一支向南传播的沿岸开尔文波，这支沿岸开尔文波继续沿着苏门答腊岛和爪哇岛向南传播，从而引起南爪哇流的半年周期变化。