基于生物信息学分析组蛋白分子伴侣ASF1在肝细胞癌中的预后价值

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目的抗沉默因子1(ASF1)是一种参与调节核小体的组装、拆卸和修饰的组蛋白伴侣蛋白,在人类中有ASF1A和ASF1B两个旁系同源物,本研究通过生物信息学分析,研究ASF1A和ASF1B基因在肝细胞癌(HCC)中的表达、临床相关性和预后价值,并进一步探索其潜在的分子生物学特征、免疫相关性以及miRNA调控通路。方法从TCGA和ICGC数据库中下载RNA-seq数据、miRNA-seq数据以及相应的临床信息。首先,在HCC中通过对ASF1A和ASF1B进行表达分析、生存预后分析、临床病理资料和预后相关性分析。接着通过构建ASF1A和ASF1B的Cox比例风险回归模型,并评估其预测性能及稳定性,通过基因本体论(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析及基因集富集分析(GSEA)探讨ASF1A和ASF1B的相关生物学功能及调控通路。CIBERSORT及TIMER数据库用于分析ASF1A和ASF1B与免疫细胞浸润及免疫检查点分子表达的相关性,TIDE数据库用于进一步验证与免疫治疗产生反应的相关性。最后,通过ENCORI数据库预测调节ASF1A和ASF1B的miRNA,通过相关性分析及差异分析进一步筛选、并通过Cytoscape构建潜在的miRNA-ASF1B调控网络。结果1、ASF1A与ASF1B基因在HCC中的表达呈显著正相关,存在共表达现象,且ASF1A与ASF1B在肝细胞癌组织中的表达较正常肝组织显著上调,其高表达与患者较差的总生存率和无进展生存率呈显著正相关。ASF1A和ASF1B的高表达与HCC患者较差的临床病理特征也有显著正相关性,单因素及多因素Cox回归分析表明ASF1A和ASF1B均可单独作为HCC患者预后较差的独立危险因素。2、基于ASF1A与ASF1B构建了一种新的预后模型,该模型对HCC患者的生存率有良好的预测能力,其预测效果优于单一ASF1A或ASF1B的预后能力。独立数据库验证及ROC分析表明其在不同人群中具有可靠性和敏感性,单变量和多变量Cox回归分析表明该预后模型可以作为总生存时间的独立预后因素。3、富集分析结果表明ASF1预后模型的相关差异基因主要在有丝分裂及染色体相关功能方面富集。GSEA表明ASF1A和ASF1B可能通过激活PI3K/Akt/m TOR信号通路,参与c-Myc依赖性肝癌或m TORC1依赖性肝癌的形成,靶向ASF1的治疗可能可以与TKI联合用药从而使肝癌患者受益。4、ASF1A和ASF1B基因表达水平与多种免疫细胞浸润水平以及免疫检查点分子的表达水平之间有显著相关性,TIDE计算证明高表达ASF1B的患者对免疫治疗更敏感,可能在免疫检查点抑制剂治疗中获益更多。5、通过ENCORI数据库、表达相关性分析以及表达差异分析,我们筛选出了三对miRNA-m RNA调控通路,分别为hsa-miR-139-5p/ASF1A、hsa-miR-122-5p/ASF1B以及hsa-miR-125b-5p/ASF1B。结论ASF1A和ASF1B过度表达与肝细胞癌的不良预后密切相关,其可能通过激活PI3K/Akt/m TOR信号通路,参与了c-Myc依赖性或m TORC1依赖性的肝癌形成,并与免疫治疗相关,可以作为HCC中潜在的预后生物标志物。三组miRNA-m RNA调控通路(hsa-miR-139-5p/ASF1A轴、hsa-miR-122-5p/ASF1B轴以及hsa-miR-125b-5p/ASF1B轴)可以作为HCC分子治疗的潜在靶位点。
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