为更多地了解中华白海豚种群遗传学和遗传多样性的特点，本研究采用PCR方法测定了来自于厦门和珠江口海域的中华白海豚样本的部分线粒体控制区序列和细胞色素B序列以及9个微卫星座位的多样性。 在12个中华白海豚样本中得到了约730 bp的线粒体控制区的序列片断，其中A、T、C、G四种核苷酸含量的平均值分别为30.2％、31.3％、23.5％、15.1％，A+T的含量(61.5％)明显高于G+c(38.5％)的含量。共检测到34个变异位点，占总数的4.66％，其中包括32个转换和2个颠换，转换与颠换的比值为16∶1，另外还存在一个插入／缺失。厦门种群的单倍型多样性(h)为0.667，核苷酸多样性(n)为0.0168；珠江口种群h和π均等于0。 十二个个体总共形成了4种单倍型，其中单倍型A是共有的单倍型，并且频率最高。珠江口种群中仅发现了一个单倍型；而厦门种群则含有4个单倍型(θ=14.891)。其中，单倍型B和其他单倍型的差异较大，它所产生的变异位点数为29个(85.29％)。线粒体的数据表明在各个海域中的中华白海豚的种群多样性很低，其中厦门种群的多样性高于珠江口种群(θ=θ)。 在所有受检样本中均得到了约599 bp的线粒体细胞色素B的序列片断，其中A、T、C、G四种核苷酸含量的平均值分别为29.8％、26.3％、30.3％、13.6％，A+T的含量(56.1％)高于G+C(43.9％)的含量。全部样本总共形成2种单倍型，其中单倍型A是包括2个海域的11个个体共有的单倍型，单倍型B是XM01个体特有。共检测到24个变异位点，其中包括22个转换和2个颠换，转换与颠换的比值为11:1。 微卫星数据的POPGENE分析结果表明：厦门种群的PIC平均值为0.40，珠江口种群的PIC平均值为0.23。厦门群体和珠江口群体的观测杂合度(Ho)的平均值均为0.444；两个群体样品的5个个体UPGMA聚类分析显示来自不同群体的个体有混合的情况。PIC值显示EVl04、EV37<*>、rw4-10<*>、rw26和rw34等五个座位在两个种群中均呈中度以上多态。 种群遗传学统计与分子系统发育分析显示：在基于D-loop的NJ基因树中，单倍型A、C和D三者关系较近，聚成一个单系，而厦门单倍型B(XM01)与其他的单倍型相距甚远。在中介连接网络图中，A为2个种群共有的单倍型，与厦门水域的另两个单倍型D、C分别相差3个和5个变异位点，而与厦门单倍型B则相差34个变异位点。 研究结果显示中华白海豚在珠江口海域和厦门海域的遗传多样性水平较低；珠江口海域和厦门海域的中华白海豚之间可能存在基因交流；厦门海域可能还存在着另一母系世系。