分子标记是开展家蚕功能基因组研究的基础，目前这种技术已经在家蚕中得到了较为广泛的应用。然而，作为第二代分子标记的微卫星标记(Simple sequence repeats，SSR)在此之前在家蚕中仅有为数不多的报道。本研究利用本研究组通过建基因组文库—杂交—测序—设计引物的方法获得的SSR分子标记，进行了家蚕品种资源的遗传多样性分析、遗传连锁图构建及茧质性状的QTL定位、定位镇江株浓核病毒不感染基因nsd-Z并将连锁的SSR标记应用于分子标记辅助育种研究。主要研究内容及结果如下：　　 ⑴用26个SSR标记研究了31个代表性家蚕品种资源的遗传关系，这些SSR标记在家蚕品种间表现出丰富的多态性，等位片段数量在2—17个，平均为7.2个。每个SSR标记的平均杂合度在0-0.60之间，最高值为0.96。平均多态性指数为0.66(0.12-0.89之间)。用Nei(1978)的方法分析了各品种间的遗传距离，UPGMA聚类结果与传统意义上的形态分类方法接近。所获得的SSR数据经主成分分析支持UPGMA方法的聚类结果。　　 ⑵用生产上广泛应用的家蚕品种菁松和茧质较差的品种兰10作为亲本组配了BC1分离群体，用SSR标记构建了分子连锁图并对全茧量、茧层量、茧层率、蛹体重进行了QTL分析。与全茧量、蛹体重和茧层量相关的各3个QFL位点分别位于第1和第23连锁群。与茧层率相关的2个QTL位点分别位于第18和第19连锁群。　　 ⑶利用家蚕减数分裂过程中雌性染色体上的基因不发生交换的特点，以对浓核病毒高度感染的家蚕品种Js和不感染的品种L10分别组配了2种类型的回交群体，即F1为雌的BC1F群体和F1为雄的BC1M群体，分别用于nsd-Z的定位和连锁分析。用22个BC1F群体筛选到7个与nsd-Z连锁的SSR标记。用190个BC1M群体构建了一个长度为80.6cM的连锁图，nsd-Z基因被定位在30cM处，与之最近的标记F10316与该基因距离4.4cM。　　 ⑷利用分子标记辅助选择技术在连续回交群体中选择携带nsd-Z的优良个体。连续6代回交后自交，经济性状已经达到实用品种水平，经添食病原证实分子标记辅助选择是高效的育种手段之一。