随着经济全球化和知识经济时代的到来，各个国家都在寻求一种有效的创新模式促进区域经济的发展。区域创新系统作为一种系统、高效的创新模式，对区域经济的发展起到至关重要的作用。区域创新系统中的主体在创新活动中发挥着各自不同的作用，其协同互动的创新过程往往表现为各个主体之间的合作创新，由于各个创新主体的利益诉求和出发点不尽相同，因此合作通常不完全是自发形成的。在区域创新系统中存在一个特别而又重要的要素主体——政府，政府不仅能够针对区域创新活动颁布政策、制定规则，而且能够参与到区域创新活动中来。如果缺乏政府的引导和政策支持，各个创新主体很可能仅以自身利益最大化为决策原则，结果很可能使得区域创新系统整体利益无法达到最大。因此，从博弈视角深入剖析区域创新系统中创新主体的行为，对促进区域创新能力的发展具有非常重要的意义。
　　本文从区域创新系统的概念出发，认为区域创新系统是一特定区域内的企业、大学和科研院所、政府、中介服务机构以创新产出为目的，以创新环境为依托，以创新资源为支撑，围绕新知识、新技术以及新产品的创造等创新活动为主要内容的协同互动的创新网络系统，并利用博弈论的两个分支——演化博弈和微分博弈，对区域创新系统主体间创新策略演化和选择行为进行分析。首先，通过构建企业、科研院所和政府三者之间的演化博弈模型，求出了区域创新系统中具有三个渐进稳定点，然后利用仿真分析求得企业和政府的演化轨迹，得到了影响政府、企业和科研院所策略演化的关键因素是企业和科研院所选择合作的意愿，从而对区域创新系统中多主体间创新策略演化问题进行研究。其次，依据区域创新系统的生命周期理论和三螺旋模型，认为创新主体在区域创新系统的不同阶段存在不同的合作模式。通过建立政府、企业和科研院所三者之间在Nash非合作博弈、Stackelberg主从博弈、协同合作博弈三种情形下的微分博弈模型，对均衡结果进行了比较，并进行了创新模式协调机制与仿真分析，从而对区域创新系统中多主体间创新策略选择的问题进行研究。最后，在前文结果分析和仿真分析的基础上，从提高科研院所的合作创新意愿、提高企业的合作创新意愿、建立合作创新的风险投资体系、加强区域创新环境的建设四个方面提出促出创新主体合作创新的对策建议。