启动子是能够与RNA聚合酶（RNA polymerase）结合并起始基因转录的一段DNA序列,通过与转录因子（transcription factor,TF）结合从而调控基因的表达。因此,识别和分析启动子有助于表观遗传研究、通路分析以及基因组的功能注释等。大肠杆菌（E.coli）是人类基因组计划中的模式生物之一,这种模式生物的基因结构与人类基因组相比较为简单,在认识基因功能等方面能够为人类基因组的研究提供帮助,进一步推动人类基因组计划的发展。因此研究人员通过实验方法和生物信息学方法来识别大肠杆菌和人类启动子,然而实验的方法需要耗费大量的时间和财力,因此,更多的研究是通过生物信息学方法来预测启动子。这些预测方法中,较多的是对于大肠杆菌σ⁵⁴及σ⁷⁰启动子的预测,预测σ³⁸启动子的工作较少。由于σ³⁸因子参与细菌的一般应激反应,对细胞所处的环境变化极为敏感,所以识别大肠杆菌σ³⁸启动子有助于了解细胞为了克服环境变化而做出的响应。因此,本文提出预测模式生物大肠杆菌σ³⁸启动子的方法,同时将该方法应用到预测人类基因启动子的数据集中,均取得较好的预测效果。本文中,我们构建了大肠杆菌σ³⁸启动子的数据集,并下载了人类启动子数据集。由于DNA的结构性质在基因发挥功能时起着至关重要的作用,选择合适的结构特征对启动子的识别也有很大的帮助。因此,本文首先基于位置关联概率矩阵与DNA六种结构参数相结合构造位置关联打分函数（PCSF）,通过分数差值来识别启动子序列,取得了较好的预测效果。进一步将分数差值作为特征参数输入到支持向量机（SVM）中实现了算法融合,使预测效果有明显提升。文中还提取了启动子的k-mer组分信息、GC含量信息、CG+GC二联体信息、碱基距离信息等序列特征,基于SVM算法,采用5倍交叉检验对启动子进行了预测。最后详细分析了各种特征参数融合后对启动子预测效果的影响,计算结果发现,对大肠杆菌σ³⁸启动子序列,采用Rise（上升）结构信息与GC含量信息的融合,基于jackknife检验,预测成功率达到96.07%;对于人类启动子序列,采用Slide（滑动）结构信息与4-mer组分信息及CG+GC二联体信息的融合,基于Jackknife检验,预测成功率为94.56%。分析结果表明,DNA六种结构参数所体现的碱基二联体之间相互作用能量能够较好的识别大肠杆菌σ³⁸启动子和人类启动子。