安然、世通等一系列财务丑闻案的频发揭示了上市公司内部控制缺陷明显、内部控制失效严重、公司治理不完善等问题。在完善的公司治理环境中,内部控制才能发挥作用,二者关系密切。为了从公司治理角度提高内部控制有效性,减少内部控制缺陷,必须探寻影响上市公司内部控制缺陷的公司治理因素及影响程度。《企业内部控制配套指引》的颁布标志着我国企业内部控制规范体系的基本建成,内部控制缺陷进入强制披露阶段。论文以此为契机,从理论和实证两部分分析公司治理与上市公司内部控制缺陷的相关问题。理论部分首先在梳理国内外文献综述的基础上,界定公司治理、内部控制和内部控制缺陷,并阐述相关的理论基础;其次厘清我国上市公司内部控制缺陷信息披露制度的演进历程;最后分析公司治理对上市公司内部控制缺陷的影响机理。实证部分主要以2013年沪市A股816家上市公司为研究对象,采用多元线性回归方法选取8个自变量、1个控制变量和1个因变量展开实证分析。研究结果表明股权结构越合理完善,内部控制越有效;董事会和监事会在很大程度上形同虚设;被特别处理的上市公司更注重内部控制的改进与完善;注册会计师的审计意见是初步判断上市公司内部控制缺陷的方式之一。因此,论文认为可以从调整股权结构、完善董事会构建机制、强化监事会监督力度、加强政府监管和社会中介机构监督等方面来完善公司治理,减少上市公司内部控制缺陷,提高内部控制有效性。