早期功利主义思想家们往往注重理论体系的构建,忽视对理论本身和前提的证明,因而受到人们的质疑和诘难。密尔认识到功利主义很多难以自洽的地方,为了维护功利主义,密尔结合新的历史条件对功利主义的部分原理进行修正,否定边沁功利主义的冷酷计算,强调人对精神的追求并肯定自我牺牲,从而使功利主义焕发新的活力。思想言论自由是密尔自由思想的核心内容。与弥尔顿的言论自由观相比,密尔通过肯定人类多种生活方式的价值,重申人类自由的适当领域。自由的主体、内容更加广泛,自由的敌人也由政府转向社会不特定的组织和个人。密尔所构建的是一种更加宽容、更加多元的自由。密尔承认了洛克政治自由的部分原则,但反对洛克借用自然状态和自然法为之论证,反对以理性法则规范政治对象,认为应该以利益需要和经验习惯解释社会政治生活。人是社会人,对公共权力和权威的服从是依据人们的好恶和功利欲求,政治合法性源于公共权力目的的正当性。功利主义与政治合理性的重构,意味着密尔的自由思想逐步偏离古典自由主义,向现代自由主义靠近。密尔的自由思想是建立在对自然权利说和社会契约论的批判之上,将个人与国家的对立扩展为个人与国家的协调,使功利主义走上理性化和科学化的道路,也标志着古典自由主义向现代自由主义的过渡。