近年来国际药品专利保护与公共健康利益之间的冲突，引起了人们对国际知识产权保护制度合理性的深刻反思。为了能很好地平衡药品专利国际保护与公共健康利益的冲突，世贸组织就不发达国家的公共健康问题，经过艰苦的谈判，先后达成协议，发表了《多哈宣言》、《多哈宣言第6段的执行决议》，《TRIPS协议修正案的草案》，就TRIPS协议中有关公共健康的条文做了澄清，赋予了发展中成员和最不发达成员为维护公共健康而取得必需药品的权利。本文通过分析药品专利国际保护的现状，了解国际社会保护药品专利的实践，进而研究TRIPS协议下药品专利保护与公共健康利益的冲突问题。本文重点探讨TRIPS协议、《多哈宣言》和《TRIPS协议和公共健康宣言第6段的执行决议》中关于解决发展中国家公共健康和药品专利保护冲突的具体规定，分析其法律意义和局限性，寻找现有法律体系下解决冲突的具体方法，并且反思专利制度中的利益平衡原则的失衡，提出重构基本原则的思路。最后，本文结合我国现状分析我国的药品专利保护制度和公共健康问题，指出我国法律规定的不足并提出完善建议。