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本研究采用基于16S rDNA的变性梯度凝胶电泳(Denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)、克隆测序分析新疆阿克苏地区盐碱地土壤样品细菌类群多样性和优势种群以及微生物群落结构与环境因子的相关性；通过设计有利于分离回收盐碱地土壤细菌的培养基,分离培养菌株,对分离到的菌株采用16S rDNA分析其多样性,并对部分潜在的新分类单元的菌株进行了系统分类学研究。克隆测序优势条带结果表明：有29个序列属于未培养的微生物,其他43个序列分属细菌的9个目：粘球菌目(Myxococcales)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、根瘤菌目(Rhizobiales)、芽孢杆菌目(Bacillales)、伯克氏菌目(Burkholderiales)、放线菌目(Actinomycetales)、海洋螺菌目(Oceanospirillales)、黄杆菌目(Flavobacteriales)、交替单胞菌目(Alteromonadales),21个属,典型相关性分析(CCA)结果表明,盐碱土样中微生物群落结构与环境因子是密切相关的。DGGE方法评价各个培养基回收土壤微生物的能力,除了极少数的相似之外存在很大的差距,每个培养基各有所长,但是最终以16SrDNA序列结果可知添加生长因子的培养基获得的潜在新的分类单元较多。分离纯培养物的16S rDNA序列系统发育分析表明,些分离菌株有较高的类群多样性,101株菌分别属于细菌域3个大的系统发育类群(Firmicutes, Actinobacteria, Proteobacteria)的31个属(Bacillus, Streptomyces, Kocuria, Micrococcus, Paracoccus, Paenibacillus, Halobacillus, Nesterenkonia, Planomicrobium, Roseomonas, Nocardiopsis, Exiguobacterium, Modestobacter, Enhydrobacter, Altererythrobacter, Georgenia, Desmospora, Porphyrobacter Pseudomonas, Pontibacillus, Brevibacterium, Palleronia, Erythrobacter, Devosia, Agrococcus, Kineococcus, Arthrobacter, Massilia, Dietzia, Micromonospora, Staphylococcus)。该环境中优势菌群是Bacillus、Streptomyces、Micrococcus、 Kocuria和Paracoccus,分别占总菌株数的36.27%、10.8%、6.9%、6.9%和3.9%。大多数菌株与其系统发育关系密切的已知物种的典型菌株之间存在一定的遗传差异(16S DNA基因序列相似性为97-100%),其中至少有8株菌的16S rDNA序列与已有效发表菌株的序列相似性小于97%,为潜在的细菌新的分类单元。实验预期较全面的了解了新疆阿克苏地区盐碱地土壤样品中的优势菌群多样性以及与微生物群落结构与环境因子是密切相关的；可培养细菌的多样性。这些结果显示新疆阿克苏地区盐碱地中具有较为丰富的微生物资源,并且存在着许多未被认识的新物种,为深入开展新疆阿克苏地区盐碱地微生物资源的开发利用和保护奠定了基础。