植物内生真菌(Endophytic fungi)是指在某一时期生活在健康植物体内但对寄主植物组织并不引起明显侵染的真菌。某些内生真菌能产生与宿主相似的活性代谢产物而成为新药的来源之一。内生真菌数量庞大，其作为一种新型的微生物资源，已成为人们关注的热点。本文以药用植物为研究对象，分离鉴定出拟茎点霉属植物内生真菌，研究其生物多样性，主要由以下三部分组成：一、在2005年7月到8月间分别于浙江临安天目山自然保护区和清凉峰自然保护区采集各种药用植物样品，从中分离内生真菌。通过形态鉴定内生拟茎点霉，并和实验室已有保存的内生拟茎点霉，共253株作为供试菌株，进行下一步研究。二、根据RAPD结果对代表不同种类的47株拟茎点霉供试菌株进行了ITS序列测定，将其序列与GenBank序列数据库进行BLAST分析，并将供试菌株与GenBank上的近缘菌株的ITS构建数据集，然后用PAUP软件进行系统发育分析。结果表明所构建的分支图是部分未解分支图，分为2个主分支，支持率分别为83％和87％，2个主分支下的分支未解。由此可以推断拟茎点霉属可以分成2个组，每个组由若干个种组成；ITS序列数据不能解决这2个组内不同种之间的系统发育关系，因此进一步利用tef、tub1等基因序列信息将有助于拟茎点霉属真菌的系统发育关系研究。三、根据ITS序列分析的结果，对分属于2个组的253株供试菌株进行RAPD分析，用NTSYS软件进行聚类分析。结果表明：拟茎点霉属内生真菌种间遗传上的异质性以及种内菌株的遗传同质性，分自同科或同属植物上的不同的种并不具有相似的亲缘关系。