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随着木霉菌（Trichoderma spp.）在植物病害上的广泛应用，其在农业生产中占据着越来越重要的地位。本文以采自我国南方不同生境的土壤样品中分离的木霉菌为研究对象，开展了木霉菌的分离与鉴定、木霉菌种类的区域分布与遗传多样性、拮抗菌株的筛选和生防功能因子的鉴定与评价等方面的研究。研究结果如下：从我国南方不同地区采集土壤样品215份后分离出木霉菌886株，利用内转录间隔区（ITS-rRNA）序列、翻译延长因子（Tef1-α）序列分析和形态学鉴定方法，鉴定出木霉属21种木霉菌，分别为棘孢木霉（T.asperellum）、深绿木霉（T.atroviride）、黄绿木霉（T.aureoviride）、短密木霉(T.brevicompactum)、橘绿木霉（T.citrinoviride）、猥木霉（T.erinaceum）、盖姆斯木霉（T.gamsii）、钩状木霉（T.hamatum）、哈茨木霉（T.harzianum）、交织木霉（Trichodermaintricatum）、康宁木霉（T.koningii）、拟康宁木霉（T.koningiopsis）、长枝木霉（T.longibranchiatum）、侧耳木霉（T.pleuroticola）、李氏木霉（T.reeseii）、螺旋木霉（T.spirale）、子座木霉（Trichodermastromaticum）、绒毛木霉（T.tomentosum）、毛簇木霉（T.velutinum）、粘绿木霉（T.virens）、和绿色木霉（T.viride），其中交织木霉（T.intricatum）和子座木霉（T.stromaticum）为我国新记录种；哈茨木霉（T.harzianum）、棘孢木霉（T.asperellum）和钩状木霉（T.hamatum）为我国南方地区优势菌种，分别占总菌株数量的23.20%、22.50%和18.10%；再依据分离自不同地理区域的各个种内木霉菌菌株从遗传进化角度进行系统发育分析；建立上海交通大学木霉菌资源保藏中心，创新性的开发出木霉菌菌种鉴定自动检索系统。本研究采用产孢产丝分类、离体对峙培养、抑制病原菌生长的测定和活体盆栽试验从资源库中筛选出拮抗黄瓜枯萎病、玉米茎腐病的效果较好的木霉菌菌株6株，其中菌株GDFS1009对黄瓜枯萎病的病指防效最为突出，达到86.34%；菌株ZJSX5003对玉米茎腐病的防治效果最高，达70.67%。再者，我们还发现木霉菌菌株有促进植株生长的作用，木霉菌孢悬液处理过的黄瓜和玉米的幼苗均生长旺盛、长势明显健壮，叶片呈深绿色，根系发达。为建立快速、准确的木霉菌菌株筛选模型，研究木霉菌菌株的生防功能因子的相关特性得以形成生防功能因子谱，再寻找可能决定木霉菌生防效果的主要因子，通过主成分分析方法建立了生防评价系统，最终发现几丁质酶、β-1,3-葡聚糖酶、胞外蛋白酶、Peptaibols类抗菌肽和聚酮类次生代谢物5大功能因子可作为主要的评价指标，其中前三者最为重要。