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主要组织相容性复合体(Maior histocopitibility complex，MHC)指集中于某一染色体、编码与免疫应答直接相关的一类细胞膜糖蛋白基因群。其功能不仅限于移植排斥反应，它还与机体对外源性抗原的免疫应答之间存在关联。主要组织相容性复合物是目前已知多态性最丰富的基因系统，本研究主要对186头6品种小型猪的SLAⅡ类基因DQB和98头3品种小型猪的SLAⅡ类基因DRB的外显子2进行了PCR-RFLP酶切分型，扩增片段包含部分第1内含子、完整第2外显子及部分第2内含子，DQB为326bp、DRB为311bp，同时本研究对这两个基因的扩增片段进行了克隆测序，并进行群体的遗传结构分析和进化分析，结果如下：采用RsaⅠ和HinfⅠ两种限制性内切酶对甘孜藏猪、合作猪、滇南小耳猪、巴马小型猪、五指山猪和荷包猪6个品种的186头个体进行了SLA-DQB基因的PCR-RFLP分型；SLA-DQB片段经RsaⅠ酶切得到5种等位基因，14种基因型(CC、DD、GG、FF、CD、CG、CE、CF、DG、DE、DF、GE、GF、EF)，各个猪种中的基因型分布在5～10种之间，6个猪群的杂合度(He)在0.5384～0.7288之间，且华北型(0.7288)＞华南型(0.7161)＞高原型(0.6913)，巴马小型猪的PIC值(0.4884)略小于0.5，偏向于高度多态，其它5个群体的PIC值在0.5712～0.7285之间，均大于0.5，表现为高度多态；经卡方适合性检验：甘孜藏猪，巴马小型猪和五指山猪的卡方适合性检验值均低于显著水平(P＞0.05)，达到了Hardy-Weinberg平衡状态。合作猪，滇南小耳猪和荷包猪在该位点均未达到Hardy-Weinberg平衡状态；经HinfⅠ酶酶切，得到了3种等位基因，6种基因型(HH、II、JJ、HI、HJ、U)，He在不同的生态类型猪种中的分布为：华北型(0.5238)＞高原型(0.4350)＞华南型(0.4286)，PIC值在0.2908～0.4610之间，在该位点表现为中度多态。在不同的生态类型中，其PIC值大小依次为：华北型＞华南型＞高原型，经卡方适合性检验，甘孜藏猪，滇南小耳猪，巴马小型猪，荷包猪的卡方适合性检验值均低于显著水平(P＞0.05)，达到了Hardy-Weinberg平衡状态。合作猪，五指山猪在该位点未达到Hardy-Weinberg平衡状态。SLA-DRB片段经RsaⅠ酶酶切，得到了5种等位基因(R、S、T、U、V)，9种基因型，三个群体中，S是优势等位基因(0.6786)，V为劣势等位基因(0.0562)，PIC值大小依次为：合作猪(0.5875)＞五指山猪(0.4780)＞荷包猪(0.3314)；He值的大小依次为：合作猪(0.6306)＞五指山猪(0.5122)＞荷包猪(0.3448)；经卡方适合性检验，合作猪卡方值低于显著水平(P＞0.05)，达到Hardy-Weinberg平衡状态，五指山猪，荷包猪没有达到Hardy-Weinberg平衡状态；经MspⅠ酶酶切，得到了两种等位基因，3种基因型(PP、QQ、PQ)，Q为优势等位基因(0.5918)，P为劣势等位基因(0.4082)，PIC值大小依次为：荷包猪(0.3713)＞合作者(0.3680)＞五指山(0.3579)。He值的大小依次为：荷包猪(0.4927)＞合作猪(0.4861)＞五指山(0.4669)，经卡方适合性检验，合作猪，五指山猪和整个群体的卡方检验值均低于显著水平(P＞0.05)，在MspⅠ位点达到Hardy-Weinberg平衡状态，荷包猪没有达到Hardy-Weinberg平衡状态。本试验测定了26条DQB序列和11条DRB序列，在DQB中得到了15种等位基因，在DRB中得到6种等位基因，并根据SLA的命名规则进行了命名，DQB基因总体平均基因多样度为0.9140，总体的平均核苷酸平均差异数为12.215；DRB基因总体平均基因多样度为0.909，总体的平均核苷酸平均差异数为22.873；SLA-DRB基因比SLA-DQB基因具有更丰富的氨基酸变异和核苷酸变异。