真虾鳃虱亚科Bopyrinae隶属于节肢动物门（Arthropoda）,甲壳动物亚门（Crustacea）,软甲纲（Malacostraca）,等足目（Isopoda）,寄生亚目（Epicaridea）鳃虱科（Bopyridae）。成体主要寄生于十足目（Decapoda）,真虾下目（Caridea）的鳃腔,寄主多为鼓虾总科,长臂虾总科等经济型虾类。目前全世界共发现真虾鳃虱亚科27属127种。但是关于该亚科的地理分布、寄主情况、系统发育均未见报道。（1）分类学研究:本文详细描记了菲律宾等海域真虾鳃虱亚科6属6种（其中2个新种,1个新记录种）并对其所在的属进行了总结。描述了每个种雌雄个体的鉴定特征,并编制了5个属的检索表。（2）地理分布及寄主:分析了真虾鳃虱亚科127种的地理分布情况,结果表明:真虾鳃虱亚科中的物种除了藻虾单枝鳃虱Bopyroides hippolytes（Kr?yer,1838）分布于北冰洋冷水海域。其余物种主要分布于印度-太平洋范围内,多集中在日本,印度,美国海湾,加勒比海,墨西哥海湾,泰国,印度尼西亚;中国海域多见于香港,台湾,青岛,海南等海滨城市。真虾鳃虱亚科物种的寄主主要集中于十足目真虾下目鼓虾总科（约74%）,也可以寄生于长臂虾总科,长额虾总科和异指虾总科。（3）线粒体基因组:该类群分子数据极为匮乏,真虾鳃虱亚科仅有2个物种的Cox1序列,暂无全线粒体基因数据。本文首次获得真虾鳃虱亚科藻虾单枝鳃虱的全线粒体基因组序列。藻虾单枝鳃虱全线粒体基因组长15,329 bp,由34个基因组成,具有13个蛋白质编码基因,19个t RNA（t RNA-I,t RNA-W和t RNA-K缺失）,2个r RNA基因。A+T含量为64.64%。B.hippolytes线粒体基因组中t RNA-C中缺少DHU臂,而t RNA-G中缺少TΨC臂。12S（829 bp）位于（+）链,16S（1172 bp）位于（-）链。其中包括10个基因间区域（1153 bp）和13个重叠区域（80 bp）。（4）系统发育分析:本文对莫氏门仿真虾鳃虱和马尔代夫真虾鳃虱4个线粒体基因以及18S r RNA进行测序,在此基础上结合Gen Bank数据库中的分子数据进行系统发育树的构建,初步探讨此亚科与鳃虱科中其他亚科的亲缘关系。结果显示,在亚目水平上坑水虱亚目是所有其他等足目物种的姐妹群;蛀木水虱亚目和寄生亚目组成了姐妹分支。在亚科水平上,背腹虱亚科+假鳃虱亚科与其他亚科形成姐妹群。褐虾鳃虱亚科和真虾鳃虱亚科关系较为亲近。