长非编码RNA（Long non-coding RNAs,lncRNAs）是一类长度大于200碱基、不编码蛋白的基因所产生的转录本。尽管lncRNAs并不通过编码蛋白质来直接实现生物学功能,但是越来越多的研究表明其广泛存在于生物过程各阶段以及众多人类疾病之中,发挥着至关重要的调控作用。受到生物实验的时间成本和经济成本的限制,目前经实验检验出确切功能lncRNA数量仍然十分有限。现有的针对Lnc RNA的研究都集中在以已知的lncRNAs互作关系和其他生物分子及疾病注释信息的数据为基础,选取适当的计算方法,构建计算模型,进行大规模的lncRNAs功能预测。此外,相似的基因通常具备相似的生物学功能,Lnc RNA相似性的研究也深入展开。然而目前对于lncRNAs多种生物学特征的整理与整合工作的相关报道仍然较少。因此,本论文通过对多种lncRNAs特征的整合,提出基于lncRNAs特征的lncRNAs集合注释、比较与lncRNAs相似度计算方法。具体来说,本论文首先通过查阅近年有关lncRNAs研究的文献,对多个研究工作中提出的研究方法进行整理总结与深入探讨分析。结合研究编码基因以及其他非编码RNA功能成熟的方法策略,提出一个从基因特征信息入手研究lncRNAs及其相似性计算研究方法。它包含基于基因组特征、细胞表达特征、组织表达特征、亚细胞定位特征和表型特征等多种生物学特征信息的lncRNAs集合比较分析,以及基于多种特征的lncRNAs相似性计算。本研究期望从基因最基础的特征信息入手,为lncRNAs功能研究探索出一个新的思路。为方便研究人员使用本文设计的方法,我们设计并实现人类长非编码RNA基因特征分析在线平台LnCompare（http://www.rnanut.net/lncompare）。该平台全部实现了上述的基于lncRNAs基因特征数据对lncRNAs集合进行特征比较分析的功能和计算lncRNAs相似性的功能。同时,借助数据可视化方案,平台对大量的数据结果进行可视化处理,方便用户分析结果。为方便研究人员使用该平台的数据,平台还提供数据下载功能,用户可以根据所需自由下载相关数据。