我国将提高自主创新能力、建设创新型国家作为国家重大发展战略的核心目标。而创新型企业作为自主创新的核心力量，对我国科技与社会经济的可持续发展起着至关重要的作用。然而，目前创新型企业的经营者激励机制仍然存在着诸多问题，薪酬激励措施难以有效的调动企业经营者的积极性，不利于创新型企业的健康发展。因此有必要通过专门研究，探索安徽省创新型企业经营者薪酬激励的创新路径，从而推动创新型企业的自主创新与可持续发展。本文首先对国内外文献进行了归纳总结，对安徽省创新型企业经营者薪酬激励现状进行了问卷调研（共收回109份有效问卷），从科技厅、国资委等有关政府部门获取了相关数据，访谈调研了华泰集团、科大讯飞等创新型企业的薪酬激励状况。其次总结出安徽省创新型企业发展现状，归纳了安徽省创新型企业的特性，寻找安徽省创新型企业经营者薪酬激励目前存在的主要问题。运用回归分析等实证方法，探索创新型企业经营者薪酬的主要影响因素。然后在借鉴国内外相关研究成果的基础上，结合安徽省创新型企业以高新技术企业为主的实际情况，在既定薪酬激励目标引导下，采用层次分析法构建了企业创新综合评价指标体系。最后基于以上研究，设计出创新型企业经营者综合薪酬激励机制，探讨了创新型企业经营者股权激励的关键要素，并且针对创新型企业经营者薪酬激励机制提出几点建议。