本文探究了水牛和娟姗牛的瘤胃产甲烷菌数量和菌群结构的差异，及不同饲料原料对瘤胃微生物菌群中物种的影响;在此基础上采用Hungate滚管技术分离培养了3株甲烷菌，并对其中一株进行了基因组测序分析。试验第一部分，分别选取4头体重相似的瘤胃瘘管水牛和娟姗牛，饲喂相同的日粮，30天后采集瘤胃液体用于测定瘤胃甲烷菌数量和菌群结构组成。结果显示两种牛之间瘤胃甲烷菌数量无显著差异(P＞0.05).Methanobrevibacter（甲烷短杆菌）是最主要的甲烷菌属，M.gottschalkii是优势菌属，且其在娟姗牛瘤胃中丰度较高(P＜0.05)。水牛瘤胃M.boviskoreani和M.ruminantium的相对丰度较高，但娟姗牛瘤胃M.boviskoreani,M.alkaliphilum,Methanomassiliicoccales Group12相对丰度显著高于水牛(P＜0.05)，本研究发现水牛和娟姗牛瘤胃甲烷菌数量和菌群结构组成均不相同。此外，我们用体外发酵产气法评估了4种典型亚热带饲料（玉米秸秆青贮、象草、木薯渣和青贮甘蔗尾）对体外发酵条件下水牛瘤胃甲烷菌菌群结构的影响。结果表明体外发酵的4种底物未显著影响甲烷菌数量(P＞0.05），M.gottschalkii为各组甲烷菌的优势菌群;木薯渣和青贮甘蔗尾中相对丰度最高的分别为M.gottschalkii和M.ruminantium;而青贮甘蔗尾中的Methanomassiliicoccale丰度显著高于其它几个组(P＜0.05)，表明不同日粮对水牛体外瘤胃甲烷菌产生了影响，且青贮甘蔗尾可作为Methanomassiliicoccale属甲烷菌的富集底物。　　为分析水牛瘤胃甲烷菌的基因组特点，本研究采用采用Hungate滚管技术和BY培养基来分离培养水牛瘤胃甲烷菌。首先，将甲烷菌底物与水牛瘤胃液一并加入到Hungate管中进行厌氧培养，再采用滚管法对不同甲烷菌菌株进行分离，挑去单菌落后再进行多轮分离纯化。甲烷菌的生长情况用气相色谱测定甲烷来评定，纯化程度采用细菌特异性PCR法进行检测。最终，经过固体与液体培养基的多轮分离培养，我们得到了三株甲烷菌纯菌株，经过16sRNA基因测序分析发现这三株菌分别属于Methanomicrobiales和Methanosarcinales属。在此基础上，我们采用热处理与抗生素添加的方式，对这三株菌进行驱除细菌试验，经过细菌特异性PCR检测，发现其中一株菌Methanoculleus sp.strain Wasimlinii菌液中未检出细菌特异性基因片段，表明该菌株已经驱除了细菌，得到了纯化。对Methanoculleus sp.strain Wasimlinii的生长特性分析表明，该菌株可利用甲酸和氢气生成甲烷，最适生长pH值为7。该菌株采用500ml的血清瓶扩大培养后，提取DNA进行高通量测序分析表明Methanoculleus sp.strain Wasimlinii的基因组大小为2801723bp，其中编码区段为2426127bp。采用数据库对基因组注释后表明，该菌基因组共包含2830个基因，其中2787为蛋白质编码基因，基因平均长度为857bp，且不含任何致病基因。