随着市场经济和企业制度的进一步发展和演进，为了更好的适应社会化大生产规模经济的要求，企业的集团化发展已经成为必然的趋势。企业集团中居于控制地位的控制公司常为集团的整体利益或某些特定利益控制操纵从属公司，指示从属公司从事不利于其自身利益的行为，而对从属公司造成的损失，控制公司只需承担有限责任，此时，从属公司以及处于弱势地位的中小股东权益极难得到保障。因此，在企业集团中，如何规制控制公司的责任，保护从属公司及其中小股东权益的成为我国法规不得不面对的问题。在以股权相对集中或高度集中为主要特征的公司中，控股股东与中小股东都希望在公司的投资回报最大化。然而，由于控股股东掌握着公司的实际控制权，其自利天性与机会主义行为会导致他们运用公司控制权损害中小股东的利益，于是就产生了控股股东与中小股东之间的利益冲突，但这种冲突可以通过约束机制使其减弱。因此，在无法改变股权结构的前提下，建立强力完善的外部与内部约束机制，即公司治理结构，可以缓和控制股东与中小股东之间的利益冲突。企业集团中的中小股东权益保护问题包括两大方面，一是在企业集团形成过程中，也即在公司之间的从属与控制关系的形成过程当中，如何维护公司的中小股东的知情权与表决权的问题。由于从属关系或企业集团的形成可能根本地改变原有企业的管理层、经营方向和企业赢利状况，属于公司的重大决策，公司的中小股东理应享有知悉权和参与决策权，而不能让公司的董事会单独决定，因此有必要在我国的现有法规中对股东的上述权利加以明确。《公司法》有关股东知情权、表决权及质询权的规定实际上对中小股东在集团形成时提供了预防性保护。另一方面，就是在已经形成的企业集团中，如何规范集团间的关联交易行为，保护企业集团中从属公司中小股东的合法权益问题。本文通过对企业集团中关联交易的界定，分析关联交易产生原因及类型，最后提出规范关联交易的对策。只对关联交易进行防范与规制不能有效的改善中小股东利益被侵害的问题，只有发现不正当关联交易发生的根源，从根本上解决隐藏在关联交易背后的集团公司治理问题，才能切实维护从属企业及其中小股东的利益。在对目前上市公司治理制度中对中小股东权益保护的缺陷进行分析后，建立以集团公司治理视角的股东保护体制，包括强调所有权结构的透明性，稳步推进上市公司股票全流通；建立中小股东对控股股东的权力制衡机制；完善股东诉讼制度；加快董事会制度建设；加强监事会的监督作用；加强经营管理层对企业集团关联交易的法律防范；完善上市公司信息披露制度；构建独立、高效的证券司法体系，完善法律救济与实施机制等六个方面。