番茄（Solanum lycopersicum）是一种经济价值很高的作物,它不仅味道鲜美,还有很高的营养价值。加工番茄产业是新疆的一大优势产业,但新疆地处干旱半干旱地区,该产业受到水资源匮乏的严重威胁,因此培育耐旱的加工番茄品种成为重要育种目标。通过传统育种培育耐旱农作物品种存在表型筛选十分复杂、成本高昂和费时费力等障碍,分子育种技术能够大大提高育种效率,缩短育种年限。运用分子标记辅助选择（MAS）结合常规育种成为耐旱育种的必然选择。本研究前期通过潘那利野生番茄耐旱渐渗系IL2-5与M82构建的亚系群体进行耐旱QTL定位并开发了耐旱分子标记ID68。进一步利用耐旱亚系M1040与加工番茄M3和87-5杂交和回交,结合ID68辅助选择,获得了回交材料M3BC3F2和87-5BC3F2。本研究以此为基础,运用MAS筛选回交和自交材料,并通过耐旱性鉴定和田间性状调查,判断耐旱性的改良效果和回交自交系（BIL）的遗传背景恢复情况,获得了改良的加工番茄材料M3D和87-5D。具体结果如下:1.对M3BC3F2和87-5BC3F2与各自轮回亲本M3和87-5进一步回交和自交一代,利用ID68分子标记筛选,最终获得BIL系M3D和87-5D。2.对BIL系和轮回亲本的幼苗分别进行重度和中度干旱和复水处理,评价了耐旱性。结果表明:在重度干旱下,BIL系的复水存活率显著高于轮回亲本,同一时期的旱害指数则低于轮回亲本。中度干旱下,干旱对BIL系的株高、茎粗和叶面积大小的影响小于轮回亲本。各系的叶片相对含水量、细胞渗透调节物质脯氨酸和可溶性糖含量显著升高,BIL系的叶片相对含水量、脯氨酸和可溶性糖含量显著高于轮回亲本。水气交换参数显示BIL系气孔导度更大、蒸腾速率更高;在叶绿素荧光和光合作用方面,干旱降低植株的光合速率,BIL系的光合速率显著高于轮回亲本,叶绿素含量则低于轮回亲本。中度干旱使Fv/Fm、φPSⅡ和q P降低,NPQ升高;BIL系的Fv/Fm、φPSⅡ和q P仍显著高于轮回亲本,NPQ显著低于轮回亲本。在氧化还原稳态方面,中度干旱使MDA和H2O2含量以及抗氧化酶POD、SOD、CAT和APX的活性升高;BIL系的MDA和H2O2含量显著低于轮回亲本,4种抗氧化酶的活性显著高于轮回亲本。因此,BIL系对水分胁迫敏感性降低,保水性能得到提高,减少了活性氧对细胞的损伤,能够更好地维持干旱胁迫下的生理活动。3.对BIL系进行农艺性状的调查,结果显示BIL系和耐旱系非轮回亲本之间在生长形态、叶片、花序和果实上共有16个性状差异显著,与轮回亲本则无明显差异,表明BIL系已基本恢复加工番茄的优良农艺性状。综上所述,利用分子标记辅助回交培育的加工番茄改良系M3D和87-5D耐旱性得到提高,同时保留了加工番茄的的优良性状。