提高自主创新能力、加快技术进步是调整经济结构和转变经济增长方式的关键环节。在国家自主创新体系建设中,要充分发挥区域自主创新体系的主导作用,明确区域自主创新体系中各创新主体的功能角色,实现区域经济的可持续发展。逐步深化我国自主创新战略的实施,提高国际综合竞争力,从而形成我国自主创新的新局面。因此,政府在区域自主创新体系中的角色定位是至关重要的。本文首先对国内外关于自主创新和区域自主创新体系相关理论进行综述,然后对区域自主创新体系中各创新主体进行功能定位分析,在学习和借鉴国内外典型自主创新体系中政府角色扮演的成功经验基础上,运用因子分析法构建了区域自主创新体系中政府角色评价模型。最后在相关课题的研究基础上,本文以安徽省自主创新体系中政府角色为案例进行实证研究,同时与其他10个省市进行比较分析。通过实证分析,文章找出安徽区域自主创新体系中政府角色存在的主要问题并给出完善人才体系建设机制、建立产学研合作机制、实施资金优惠政策、实现区域合作、优化产业结构、加强知识产权保护等对策建议。