长期以来,特许权使用费以其复杂性和特殊性成为国内税收执法机关和企业关注的热点和重点问题。然而,当前学术界在探讨此类问题时主要集中于对征管机制的探讨,而忽视了其根本原因,即特许权使用费的税法问题。我国海关特许权使用费法律法规自实施以来未曾修订。目前,海关税法立法架构尚未建立,特许权使用费的税法构成要素存在欠缺,对海关税收执法造成了直接影响。同时,由于海关税法与国内税法应税特许权使用费范围部分重合,长期以来始终存在重复征税的争议。特许权使用费综合税负偏高也一直是业界关注的问题。本文运用资料分析法,比较分析法和例证分析法,阐述特许权使用费概念自税务至海关的发展演变过程、梳理国际国内海关税法体系、深入分析税法构成要素、比对海关与税务的税法实质,核算企业实际负担的税务成本,剖析根本原因,找出关键问题和主要差异。针对海关特许权使用费在税法立法和执法方面存在的不足,提出以当前《关税法》的起草为契机,构建海关税法体系、完善税法构成要素、建立海关与税务协调机制的设想,对形成特许权使用费完整、清晰和有效的税法架构具有积极的意义。