并购重组是目前经济运行中不可或缺的重要组成部分，医药行业的并购重组更是异军突起。对医药行业并购重组估值是并购双方及中介机构的一项重要工作，在并购重组工作中，既要考虑并购重组模式的操作层面的简单易行性，也要关注回避并购重组中的风险。医药行业并购中的估值，既要考虑与一般行业的共性，也要考虑医药行业的特点。医药行业的并购方式，按照并购项目税收经营风险的大小划分为高风险项目和低风险项目，本文总结了不同的重组方式。针对高风险项目，采用“新壳换旧壳法”，即原股东成立新公司，新公司再收购原公司资产组，之后，新股东再收购新公司股权的重组方式；针对税收经营风险较低的并购项目，可按市值法对并购项目进行估值，即按上市公司（或参考同类可比上市）的二级市场表现，采用市盈率或市净率对并购项目进行估值。而在估值过程中，我们应充分重视尽职调查、审计、评估中的各个环节。在尽职调查中应充分关注业态剥离、有效资产范围、会计政策统一等事项，在审计中足够重视返佣费用的完整性、返利收入的真实性、或有负债的存在性等项目，而在评估工作中需重点把握公允价值高于市价情形、税收优惠政策的延续性、折现率的选取等关键问题。