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微卫星(microsatellite),一般是指在基因组中由短的重复单元组成的短的DNA串联重复序列。微卫星DNA,又称短串联重复序列(simple tandem repeats, STRs)或者简单重复序列(simple sequence repeats, S SR),是指在真核生物基因组中均匀分布的简单重复序列,通常是由2-6个核苷酸的串联重复片段构成。由于串联重复序列的重复次数在群体内不同个体之间呈现高度的变异性并且数量丰富,因此微卫星标记在动物遗传育种、遗传资源评估与保护、遗传变异分析、亲子鉴定和法庭医学等方面有着非常广泛的应用。微卫星标记的检测方法有很多。在微卫星标记应用方面,通常需要对多个微卫星座位进行扩增和检测,多次大量的扩增和检测即费时、费力,且费用昂贵。如果借助复合扩增技术(mutiplex PCR),同一个反应试管中或者反应体系中加入多对引物,然后同时扩增检测多个目标序列,就能显著提高检测效率并极大的降低实验成本。本实验分别对144头猪和123头羊的各12个微卫星座位进行研究,成功筛选出适合实验样本群体的微卫星座位,并已在样本群中进行验证。本研究获得结果如下：1)筛选出了合适的微卫星基因座并进行了扩增和分型。2)对获得的个体基因型进行遗传多态性分析,初步掌握了两群体的遗传资源信息。猪群体的平均等位基因数为7.4,个体识别率为0.7974,多态性信息含量为0.6155,累积非父排除率为0.9835。羊群体的平均等位基因数为9.1,个体识别率为0.9096,多态性信息含量为0.7527,累积非父排除率为0.9999。3)复合扩增方面：猪样本的复合扩增得到一个十重组合；羊样本的复合扩增得到3个三重和1个单重的复合扩增组合；并对其可行性与准确性进行了初步验证。猪的十重复合扩增组合的微卫星座位分别为SW240、SW951、SW857、S0155、S0386、SW902、S0101、S0225、S0227和S0355。