结直肠癌免疫治疗的预测标志物及其影响因素的研究

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背景结直肠癌(colorectal cancer,CRC)是常见的消化系统肿瘤,新发病例约占全球癌症新发病例的10.2%。目前,免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitor,ICI)治疗对CRC表现出前所未有的临床活性,其中高微卫星不稳定性(high microsatellite instability,MSI-H)及具有错配修复缺陷(defective mismatch repair,dMMR)的患者是ICI治疗的优势人群,但即便是优势人群,单药或联合用药的客观反应率大约只有40~50%,依然存在着其他因素影响ICI的治疗效果。最近,KEYNOTE-177提示ICI在CRC新辅助治疗中崭露头角,NICHE Ⅱ期临床试验惊喜的发现微卫星稳定型CRC在新辅助免疫治疗中有25%的患者受益,可见的确有其他因素影响ICI的易感性。目前,肿瘤突变负荷(tumor mutational burden,TMB)已被发现可用于筛选ICI治疗CRC的获益者,还有年龄、性别以及特定基因突变也被发现可能成为ICI的预测标志物,但这些都存在争议且有待于在ICI治疗CRC的领域展开探索。目的本研究旨在通过生物信息学分析探索年龄、性别及一些基因突变对ICI治疗CRC的预测作用,并探究除MSI以外,其他如肿瘤免疫原性、免疫微环境等免疫因素是否影响ICI的治疗效果,从而影响以上预测标志物的预测作用。方法首先收集来自美国纪念斯隆凯特琳癌症中心(Memorial Sloan Kettering Cancer Center,MSKCC)接受ICI治疗的CRC临床队列,这项队列包含患者的临床基线特征资料、生存资料与体细胞突变数据。随后通过单因素Cox回归分析和Kaplan-Meier生存分析以及log-rank检验,初步识别与ICI治疗预后相关的年龄、性别和突变基因类型,确定预测标志物。之后分析各个预测标志物对ICI治疗的影响因素。我们联合MSKCC和癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库内的CRC样本的临床数据、体细胞突变数据、新抗原数据以及转录组测序数据,对以上预测标志物与TMB和新抗原负荷、免疫应答相关基因表达量以及DNA损伤与修复通路(DNA damage response,DDR)的突变数目的关系进行分析,并使用CIBERSORT(http://cibersort.stanford.edu/)对不同预测标志物对应的肿瘤微环境中免疫细胞浸润类型进行分析,最后利用《京都基因与基因组百科全书》(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)、基因本体论(Gene Ontology,GO)和 REACTOME数据库行基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)探索免疫应答相关通路表型。除CIBERSORT和GSEA需在相应网站或软件中进行以外,其他所有分析均在R软件(版本.3.6.1)内完成。结果一、CRC接受ICI治疗的预测标志物本研究利用109例MSKCC内接受ICI治疗的CRC样本发现:TMB>11突变/Mb(TMB-high)、年龄>65 岁、男性、基因 RNF43、CREBBP、NOTCH3、PTCH1、CIC、DNT1以及SPEN的突变与较长的总生存期(overall survival,OS)显著相关,是ICI治疗CRC的阳性预测标志物;而基因APC和TP53的突变则与更差的OS显著相关,是ICI治疗CRC的负性预测标志物。二、各个预测标志物对ICI治疗CRC的影响因素通过对MSKCC内109例接受ICI治疗的CRC样本及TCGA内511例CRC样本的一系列生物信息学分析发现,阳性预测标志物之所以给CRC患者带来更好的生存获益可能与更高的免疫原性如TMB和新抗原负荷、免疫应答相关基因高表达的免疫表型、高度浸润的免疫活性细胞如CD8+T细胞、活跃的免疫活性通路以及DDR相关通路基因突变数目增多等因素有关。结论本研究利用生信分析为ICI在CRC的治疗阐明了的多种预测标志物,从临床特征如年龄、性别到特定基因突变,并发现肿瘤免疫原性、免疫微环境特征等可以影响ICI治疗CRC的疗效从而影响预测标志物的预测作用,为CRC患者的免疫治疗提供了新的思路。为了进一步证实ICI的预测标志物,还需要展开分子生物学研究以及前瞻性临床试验研究。
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