近十几年来，我国不断加强生态文明建设，坚持保护环境和节约资源，生态保护体系逐渐形成。作为生态保护体系的一部分，生态补偿制度的实施取得了明显成效。由于政治、法律体制的特殊性，我国的生态补偿制度形成了以政府为主导的模式。政府确保生态补偿资金最重要以及最直接的方式就是财政转移支付，包括纵向转移支付和横向转移支付。但目前的转移支付制度还存在诸多问题，比如生态补偿转移支付缺乏系统的立法文件和相应的配套制度、受偿主体范围单一、补偿标准缺乏法律依据、监督体系和法律责任体系不够完善等。解决这些问题需要提高目前生态补偿转移支付立法的层级并且完善相应的配套制度、拓展受偿主体的范围、确定补偿标准所依据的法定因素、建立生态补偿转移支付多元化监督体制以及规范生态补偿转移支付的法律责任等。
　　全文包括五个部分：
　　第一部分，绪论,主要包括研究背景和意义、国内外研究现状、研究方法以及创新之处与不足等。
　　第二部分，生态补偿转移支付的理论基础与现实意义。生态补偿转移支付制度是指政府之间以财政资金转移与分配的形式，向那些为生态环境发挥作用而做出牺牲或者贡献的政府、组织或者个人提供相应补偿的制度。生态补偿转移支付存在着深厚的理论基础。其以公共产品理论为依据，论证了生态环境作为公共产品的公共性。外部性理论为生态补偿转移支付“谁受益，谁补偿”的理念提供合理解释。公平正义理论以及财政法定主义原则分别从一般法的原则和特殊法的原则两个角度阐述生态补偿转移支付。生态补偿转移支付的实行，不但有助于生态环境的保护，提高生态地区的生态质量，也能够推动地区间公平的实现，缩小地区与地区之间财政上的差异，还将生态效益和经济利益有机结合，让经济的发展不再以生态的恶化作为代价，促进经济建设和生态建设齐头并进。
　　第三部分，我国生态补偿转移支付制度现状及其存在的主要问题。目前，我国生态补偿纵向转移支付的主要形式是财力性转移支付和专项转移支付。生态补偿横向转移支付主要以流域生态补偿为主，省内的流域生态补偿主要包括以提高上游水源涵养能力和保护森林为主的横向转移支付专项补偿、以治理流域水环境污染和优奖劣罚从而形成的横向转移支付专项补偿以及纵、横向转移支付相结合的综合型转移支付生态补偿。尽管我国生态补偿纵向转移支付和横向转移支付取得了一些成就，但依然存在不少问题。立法方面，我国缺少生态补偿转移支付的立法文件、配套制度和相应政策。受偿主体方面，我国未建立区域性生态补偿制度，造成我国生态补偿转移支付的主体范围过于单一。补偿标准方面，不少规范性法律文件缺乏确定补偿标准依据的因素，赋予了相关部门制定具体补偿标准时存在较大的自由裁量幅度，补偿标准的制定缺乏评估。监督方面，生态补偿转移支付缺乏人民群众的监督，监督体系缺乏相应规范有效的制度作为补充。法律责任方面，认定生态补偿转移支付的法律责任没有一个确定的标准，生态补偿转移支付的法律责任规定不够合理。
　　第四部分，国外生态补偿转移支付比较。主要研究了四个国家关于生态补偿转移支付的有益实践。德国不仅通过规范化的立法确立了生态补偿转移支付的地位，还运用到了实际中。美国的生态补偿转移支付制度从上个世纪八十年代开始引入了市场这一因素。至今已经将本国的生态补偿转移支付与市场交易有机结合。巴西的生态补偿转移支付在长时间的实践中，逐渐产生了相应的内在激励机制。这一机制的产生进一步促进了当地群众保护环境的积极性。哥斯达黎加将生态合同与生态补偿转移支付相衔接，形成了哥斯达黎加的生态补偿制度体系。
　　第五部分，完善我国生态补偿转移支付制度的构想。首先，在立法原则上，我国生态补偿转移支付应当以受益者补偿原则、平衡原则作为基本原则。其次，在实践中，结合我国各地区如今的发展趋势，应形成以纵向转移支付为主，横向转移支付为辅的生态补偿转移支付模式，逐步推动我国生态治理体系的建立。关于完善我国生态补偿转移支付的具体构想方面，立法上，我国不仅应当提高生态补偿转移支付的立法层级，还应建立健全事前预防制度等配套制度。受偿主体上，纵向转移支付应当建立区域性生态补偿转移支付制度，将密切联系并且共同发挥生态功能的地区划分为整体区域，成为受偿主体，积极推动区域性生态补偿转移支付制度的建设。横向转移支付应当创新生态补偿转移支付的方式，采用引进投资、人才互通以及共建园区等形式进一步实现生态补偿横向转移支付的目标。补偿标准上，应当明确补偿标准所依据的法定因素，建立补偿标准评估制度。监督上，充分发挥人民代表大会制度的监督作用，建立生态专门委员会制度，增进社会舆论的监督。法律责任上，应当结合侵权责任法的四要素认定生态补偿转移支付的法律责任，立法机关制定生态补偿转移支付相关的法律时应当衡量违法成本与守法成本的关系，在适宜的程度提高违法成本，严格法律责任。
　　生态补偿转移支付的建立和完善是我国加强生态文明建设的需要，也是贯彻“创新、协调、绿色、开放、共享”五大发展理论的要求。应当建立以纵向转移支付为主，横向转移支付为辅的生态补偿转移支付制度，更好地完善我国的生态文明体系。