补充侦查制度是承载双重价值的刑事诉讼程序。一方面，为了实现实体正义价值，通过“认识、实践、再认识、再实践”的方式对案件的事实予以查明[1]，保障实体正义价值的实现；另一方面，通过补充侦查程序中的限制性条件，保障犯罪嫌疑人的诉讼权利不受侦查权的恣意侵犯，也在程序正义的侧面保障了实体正义。在侦查程序中实现了双方面价值的不断融合。并以此决定审查起诉以及法庭审判的最终的价值取向，即是以证据审判为中心还是以客观事实侦查为中心，也反映一国社会政策和社会管理状况。因此，对刑事诉讼补充侦查制度的研究不仅仅是侦查措施的研究，还是对刑事诉讼程序价值的不同选择问题，更是一国社会政策和社会管理状况的缩影。刑事诉讼中的主体差异决定了各主体职能不同，由此划分刑事诉讼程序的不同阶段。主体与各阶段职能一一对应，侦查机关在侦查阶段行使侦查职能，检察机关在审查起诉阶段行使审查和起诉职能，审判机关则在法庭审理阶段行使审判职能，三机关相互制约又相互配合。然而，这种表述只存在于应然状态之中，通过司法实践将法的应然状态转化为实然状态，并且更加趋向于应然状态，则需要各个诉讼阶段更为细化的规定予以实现。并且，根据主观能动性对客观事物的反作用可以得知，这种细化的规定的执行和实现，更需要实施具体行为主体的主观理念的转变。本文通过对刑事诉讼中补充侦查制度定义的阐明，深入发现补充侦查制度所包含的深层次社会价值，并突破传统的程序正义理念的限制，综合调和各方面社会价值。在此基础上，对域外补充侦查制度进行考证和比较研究，对不同法系的补充侦查制度的优缺点进行扬弃，提炼出适合我国当前形势下的经验成果。并有针对性的对我国补充侦查制度现状和问题进行分析，归结我国补充侦查制度不足的原因所在。并通过认识论的转变，形成以审判中心的刑事诉讼理念，打破原有事实发现与证据证明的严格界限，引入检察机关提前介入机制，初步构建双轨制侦查模式，实现权利对权力的有效监督，明确三机关职责权限，将补充侦查制度作为析清三机关职能的界限，在此基础上提出完善我国补充侦查制度的建设性意见。