目的：探讨Nestin、PKC-θ和PTEN的表达在胃肠道间质瘤（gastrointestinal stromal tumors，GIST）组织中的诊断、鉴别诊断意义，及其与临床病理因素和危险度的关系。 方法：应用免疫组化S-P法，检测81例GIST组织中Nestin、PKC-θ和PTEN蛋白的表达情况，对这些病例进行危险度分级，并分析上述免疫组化指标与临床病理相关因素（性别、年龄、发生部位、组织学分型）和危险度的关系，并与平滑肌瘤和平滑肌肉瘤进行阴性对照研究。 结果：GIST组织中Nestin、PKC-θ和PTEN阳性表达率分别为86.4％（70/81）、88.9％（72/81）、88.9％（72/81），Nestin和PKC-θ表达水平均与CD117（69.1％）有显著性差异（P<0.05），Nestin、PKC-θ在平滑肌瘤和平滑肌肉瘤表达均阴性，在26例CD117阴性表达中PKC-θ阳性表达，在6例PKC-θ阴性表达中CD117阳性表达。PKC-θ在良性和交界性GIST（x2=5.395，P=0.020）以及良性和恶性GIST中（x2=4.468，P=0.035）表达有显著性差异，PTEN的表达在良性和恶性GIST中有显著性差异（x2=6.255，P=0.012）。Nestin、PKC-θ和PTEN三种蛋白在不同性别、年龄、部位、瘤体大小、核分裂数和组织学类型之间表达水平均无显著性差异（P>0.05）。 结论：Nestin和PKC-θ在GIST中高表达，作为胃肠道间质瘤的两种特异而敏感的新标志物，联合CD117对GIST的诊断及鉴别诊断有重要意义，PKC-θ和PTEN蛋白可以作为GIST分化程度的指标。