自中亚汗国建立后，中亚面临着严重的社会危机。而帖木儿的后裔巴布尔在印度建立的莫卧儿帝国却繁荣富庶，对中亚人保持着强大的吸引力;莫卧儿皇帝推行开明的文化政策，鼓励文化交流;莫卧儿帝国的前五代皇帝都有浓郁的故乡情结，向往中亚文化。这些因素导致中亚与莫卧儿帝国在1526-1658年间虽然存在政治上的分歧、军事上的摩擦，但始终保持着频繁而活跃的文化交流。文化交流在宗教、建筑、文学、绘画、音乐、天文学以及体育娱乐活动七个文化领域广泛开展。　　中亚著名的纳合西班底教团的阿赫拉尔家族、迪赫比迪家族以及祖巴尔家族的苏非与莫卧儿皇帝保持着密切的个人交往，这是中亚与莫卧儿帝国之间宗教领域频繁联系与交流的一个缩影。来自中亚的巴布尔有着难以割舍的中亚建筑情结，他把中亚的建筑理念移植到莫卧儿帝国;来自中亚的建筑师与工匠也把中亚的建筑理念引入了莫卧儿帝国，他们与在印度的同行一起，建造了许多美丽、雄伟的建筑。这两个地区人们之间信件的往来是进行文学联系与交流的重要载体;1526-1658年间，有许多中亚的诗人纷纷前往莫卧儿帝国，充当了这两个地区之间文化交流的使者。莫卧儿细密画的发展得益于来自中亚的绘画精英。1526-1658年间有许多中亚的音乐家前往莫卧儿帝国;数位莫卧儿皇帝表现出了对中亚音乐的热爱。莫卧儿帝国天文学的发展深受兀鲁伯时期中亚天文学的影响。中亚的驯鸟、摔跤和拳击也得到了莫卧儿帝国人们的青睐。　　1526-1658年间中亚与莫卧儿帝国文化交流呈现出广泛性、连续性以及单向性的特征。这种文化交流为东方伊斯兰文化世界的进步作出了重要的贡献。