我国高新技术产业开发区经过十多年的发展，创造了局部优势的发展环境，已经成为走新型工业化道路的先导区和改革开放的示范区，成为科技创新与高新技术产业发展的重要基地，成为地方科技和经济发展最为强劲的区域。在高新区“二次创业”的进程中，如何形成创新的产业集聚，形成政府、企业、大学和科研机构以及中介机构紧密联系的具有根植性的区域创新网络，已经成为我国高新区“二次创业”的新课题。本文把高新区“二次创业”放在一个动态发展的系统中，以新制度经济学、区域经济学、产业经济学、社会主义市场经济为理论基础，采用规范性分析和实证性分析相结合的方法，首先提出高新区“二次创业”的本质是要建立一个创新的产业集聚网络，认为只有通过激励制度体系的设计和建设，为高新区创造出一个良好的局部优势发展环境，才能使高新区在“二次创业”中成为引领我国高新技术产业发展的重要区域，成为创新的产业集聚区，并形成高新区内各行为主体紧密联系的地方根植性网络。本文在理论分析了高新区“二次创业”经济特征的基础上，为我国高新区“二次创业”建立一个激励制度框架，并分析了其中的强性激励制度、中性激励制度和弱性激励制度的内容和激励意义。认为强性激励制度为高新区“二次创业”的发展提供了宏观的激励制度保证，为高新区中的产业集聚创造了条件；中性激励制度对高新区中的企业主体产生了直接的促进作用，是高新技术企业的激励制度创新和技术创新要素的主要组成部分，而弱性激励制度是高新区“二次创业”健康发展的润滑剂，它的完善为高新区“二次创业”提供了良好的文化环境和创新的精神动力。苏州高新区地处我国经济比较发达、市场意识较强的东部沿海，是我国发展较快、“一次创业”取得成果较好的高新区，具有高新区发展的共性和个性，本文对苏州高新区激励制度进行了全面分析，指出苏州高新区激励制度中存在的问题及深层次原因，认为我国高新区要在“二次创业”中形成创新的区域产业集聚网络，就要不断创新强性激励制度、完善中性激励制度、改善弱性激励制度，从而为我国高新区激励制度建设提供了一种方法。