印度尼西亚已经同多个国家建立自由贸易区合作协定(FTA),其中之一便是中国-东盟自贸区(ACFTA)。从理论上讲,此种经济合作模式将会给成员国带来积极影响,建立中国-东盟自贸区的目的主要也是推进成员国的经济建设。本文将会分析中国-东盟自贸区对中国和印度尼西亚双边贸易关系的影响。分析涵盖在中国-东盟自贸区框架下中国和印度尼西亚之间的贸易额增长率变化,运用比较研究的方法比较中国和印度尼西亚三个不同时期的贸易关系。研究结果表明,中国-东盟自贸区对两国对外贸易额的增长均产生积极影响,但中国更具优势。两国的的贸易关系趋向不平衡发展,与现有的国际贸易理论不相符。通过竞争优势分析,指出内部因素是导致中国和印度尼西亚贸易不平衡的主要成因,从而使印尼并未从中国-东盟自贸区的实施中获得正面效益。通过比较优势分析和SWOT分析,结果显示印度尼西亚可以通过对一些因素进行优化来实现同中国的贸易平衡发展。事实上,印度尼西亚可以把自身的许多优势作为支柱优化中国-东盟自贸区的实施带来的好处,并从中获取机会。