随着科学技术的加速发展和经济全球化步伐的加快，自主创新成为发展中国家调整经济结构和提高国家竞争力的中心环节，日益受到发展中国家的重视。当前，我国正处在全面建设小康社会、走新型工业化道路的关键时期，加快产业自主创新步伐，提高自主创新能力已经引起政府、产业界和理论界的高度重视，而高新技术产业的迅速发展对我国自主创新能力的提升有着极其重要的作用。因此，为了全面评估高新区的自主创新能力，并对不同高新区自主创新能力的空间差异进行比较，很有必要建立一套科学的评价体系。但是从目前的理论研究成果来看，发达国家学者是基于发达的市场经济条件下开展技术创新的研究，一般将企业自主创新作为研究的前提条件，在研究中加以模式化，而发展中国家的学者侧重于技术引进问题的研究，直接对高新区自主创新能力进行评价的研究也很少，因此，建立一套科学的高新区自主创新能力评价体系并进行分类比较研究，具有深远的理论和现实意义。 本文首先对国内外区域创新能力的相关研究进行了综述；然后，依据创新理论，运用系统和网络的观点，对区域创新系统的各子系统和区域创新能力的构成进行了研究。在此基础上，为突出高新技术产业和自主创新活动，并尽量避免主观性指标对评价结果的干扰，本文围绕高新区自主创新的投入一产出情况构建了高新区自主创新能力的评价指标体系。建立了高新区自主创新能力的科学评价指标体系。 在上述指标体系的基础上，根据2004年高新区有关统计数据，采用因子分析方法对16个国家级高新区2004年自主创新能力情况进行了综合评价，从创新投入能力、创新产出能力和创新贡献能力三个方面对高新区自主创新能力的现状进行了分析，找出了其存在的优势和劣势。根据各因子得分情况对各高新区自主创新能力进行了聚类分析，将全国高新区自主创新能力分为四类，然后根据各高新区因子得分分布情况和各高新区自主创新能力不同的特点，将四个类别分别命名为引进吸收型、重点聚焦型、本地推进型和全面发展型。 根据自主创新的三种方式即原始性创新、集成创新和引进消化吸收再创新，结合聚类分析得到的高新区四大类别，指出不同类型高新区提升自主创新能力应选择不同的途径。最后，分别针对创新投入能力、创新产出能力和创新贡献能力三个方面，对高新区如何提升自主创新能力给出了策略建议。