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棉花既是世界上重要的天然纤维作物,又是重要的油料和蛋白质来源作物。伴随着近几年科技巨大进步以及人们生活水平日益提高,人们对棉花纤维品质的要求也越来越高。如何在提高产量的同时,改良纤维品质成了棉花育种者高度关注的问题。然而,基于表型选择的传统育种方法周期长,进展缓慢,难以取得突破性进展。分子生物学的快速发展,使得分子标记辅助选择成为了一种快速有效的作物育种方法。棉属(Gossypium)包括45个二倍体种和7个四倍体种。四倍体陆地棉(G.hirsutum L.)和海岛棉(G.barbadense L.)棉纤维产量分别占世界棉产量的95%和2%左右。陆地棉适应性广、丰产性好,但纤维品质较差;海岛棉纤维品质优良、抗黄萎病,但纤维产量低。构建海陆群体高密度种间遗传连锁图谱,对棉花基因组结构研究、重要农艺性状QTL的精细定位与图位克隆具有重要意义。在实验室前期构建的(中棉所35×Pima S-7)BC1群体遗传图谱的基础上,本研究利用新获得的SSR多态性引物对遗传图谱进行标记加密,构建了高度饱和的种间遗传连锁图谱。主要研究结果如下:1.SSR引物多态性筛选利用7024对SSR引物对亲本陆地棉品种中棉所35和海岛棉品种Pima S-7进行引物多态性筛选,共获得978对多态性引物,多态性比例为13.9%。2.回交群体标记基因型检测利用978对多态性引物对[(中棉所35×Pima S-7)×中棉所35]BC1群体进行基因型检测,共得到1071个多态性位点。对新增的1071个位点和实验室前期获得的1241个位点(共计2312个标记位点)进行χ2检测,有204个位点偏离孟德尔1:1分离比例(P<0.05),占总位点数的8.8%。3.高密度遗传连锁图谱构建对2312个SSR标记位点进行遗传连锁分析,构建的遗传连锁图谱包括2312个位点,图谱长度3804.6cM,标记间平均距离1.65cM。定位于A亚组的标记为1121个,总长为1898.7cM,标记间平均距离1.69cM;定位于D亚组的标记为1191个,总长为1905.9cM,标记间的平均距离1.60cM。本研究根据重复位点在同源染色体上的分布发现有4对同源染色体间发生了染色体结构倒位。